Материал: Огурцов А. Н. Методы бииоинформационного анализа

Внимание! Если размещение файла нарушает Ваши авторские права, то обязательно сообщите нам

Query	121	AVHASLDKFLASVSTVLTSKYR	142
Sbjct	126	V A+ +KF+A + L+ Y	147
		KVQAAWEKFIAVLVDGLSQGYN

Выравнивание 22 с глобином эпсилон Gallus gallus (Банкивский петух).

epsilon globin [Gallus gallus] Length=147

GENE ID: 428114 HBE1 | hemoglobin, epsilon 1 [Gallus gallus] (10 or fewer PubMed links)

Score = 99.0 bits (245), Expect = 1e-19, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 54/141 (39%), Positives = 81/141 (58%), Gaps = 8/141 (5%)


Query	7	DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQVKGHG							60
Sbjct	8	+K	+	WGKV +	E GAEAL R+ + +P T+ +F F +LS		G+	V+ HG	65
		EKQLITGLWGKV--NVAECGAEALARLLIVYPWTQRFFASFGNLSSATAIIGNPMVRAHG
Query	61	KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTP							120
Sbjct	66	KKV	+	AV ++D++	+ + LS LH KL VDP NF+LL		L++ LA+H	+FTP	125
		KKVLSSFGEAVKNLDNIKKSFAQLSKLHCDKLHVDPENFRLLGDILIIVLASHFSKDFTP
Query	121	AVHASLDKFLASVSTVLTSKY				141
Sbjct	126	A A+ K + V+ L +Y				146
		ASQAAWQKMVRVVAHALAHEY

Выравнивание 23 с субъединицей эпсилон-2 гемоглобина Bos taurus (Дикий бык).

hemoglobin subunit epsilon-2 [Bos taurus] Length=147

GENE ID: 513240 HBE2 | globin, beta, epsilon 2 [Bos taurus] (10 or fewer PubMed links)

Score = 98.6 bits (244), Expect = 1e-19, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 51/145 (36%), Positives = 79/145 (55%), Gaps = 8/145 (5%)

Query	3	LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSH------GSAQV						56
Sbjct	4	+ + V + W KV		G E+L R+ +		P T+ +F F +	G+ +V	61
		FTTEENVAVASLWAKVNVEV--VGGESLARLLIVCPWTQRFFDSFGNLYSESAIMGNPKV
Query	57	KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA						116
Sbjct	62	K +G+KV ++	NA+ H+DD+		+ LS+LH	KL VDP NF+LL + +L+ LA H		121
		KVYGRKVLNSFGNAIKHMDDLKGTFADLSELHCDKLHVDPENFRLLGNMILIVLATHFSK
Query	117	EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY			141
Sbjct	122	EFTP + A+ K	+V+	LT KY	146
		EFTPQMQAAWQKLTNAVANALTHKY

Выравнивание 24 с гемоглобином альфа Rattus norvegicus (Серая крыса).

hemoglobin, gamma A [Rattus norvegicus] Length=147

GENE ID: 94164 Hbg1 | hemoglobin, gamma A [Rattus norvegicus] (10 or fewer PubMed links)

Score = 97.8 bits (242), Expect = 3e-19, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 52/145 (36%), Positives = 83/145 (58%), Gaps = 8/145 (5%)

Query	3	LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQV					56
Sbjct	4	+ +K	+ + W KV	+ G E L R+ + +P T+ +F F +LS		G+ ++	61
		FTAEEKAAIISIWEKVDLE--KIGGETLGRLLIVYPWTQRFFDKFGNLSSALAIMGNPRI
Query	57	KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA					116
Sbjct	62	+ HGKKV	+L +AV ++D++		+ LS+LH KL VDP NFKLL + L++ L+ H		121
		RAHGKKVLTSLGSAVENMDNLKETFAHLSELHCDKLHVDPQNFKLLGNMLVIVLSTHFAK
Query	117	EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY			141
Sbjct	122	EFTP V A+ K +		V+ L+ KY	146
		EFTPEVQAAWQKLVMGVANALSHKY

Выравнивание 25 с бэта-глобином Salmo salar (Сёмга).

beta-globin [Salmo salar] Length=147

GENE ID: 100136584 LOC100136584 | beta-globin [Salmo salar] (10 or fewer PubMed links)

Score = 96.3 bits (238), Expect = 7e-19, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 54/142 (39%), Positives = 82/142 (58%), Gaps = 8/142 (5%)

Query	6	ADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS-----HGSAQVKGH					59
Sbjct	7	A+K+ + A WGKV		+ E G	AL R+ + +P T+ YF F D+S	G+ +V H	64
		AEKSTISAVWGKVDIN--EVGPLALARVLIVYPWTQRYFGSFGDVSTPAAIMGNPKVAAH
Query	60	GKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFT					119
Sbjct	65	GK V	AL AV ++ ++		+LS+ HA+KL VDP NF++L+	L + +AA A FT	124
		GKVVCGALDKAVKNMGNILATYKSLSETHANKLFVDPDNFRVLADVLTIVIAAKFGASFT
Query	120	PAVHASLDKFLASVSTVLTSKY			141
Sbjct	125	P + A+	KF+ V	+ S+Y	146
		PEIQATWQKFMKVVVAAMGSRY

Выравнивание 26 с субъединицей бэта-Н1 гемоглобина Mus musculus (Мышь домовая).

hemoglobin subunit beta-H1 [Mus musculus] Length=147

GENE ID: 15132 Hbb-bh1 | hemoglobin Z, beta-like embryonic chain [Mus musculus]

(Over 10 PubMed links)

Score = 95.5 bits (236), Expect = 1e-18, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 51/145 (36%), Positives = 81/145 (56%), Gaps = 8/145 (5%)

Query	3	LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQV						56
Sbjct	4	+ +K	+ + W KV		+ G E L R+ + +P T+ +F F +LS		G+ ++	61
		FTAEEKAAITSIWDKVDLE--KVGGETLGRLLIVYPWTQRFFDKFGNLSSALAIMGNPRI
Query	57	KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA						116
Sbjct	62	+ HGKKV	+L	V ++D++		+ LS+LH KL VDP NFKLL + L++ L+ H		121
		RAHGKKVLTSLGLGVKNMDNLKETFAHLSELHCDKLHVDPENFKLLGNMLVIVLSTHFAK
Query	117	EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY				141
Sbjct	122	EFTP V A+		K +	V+ L+ KY	146
		EFTPEVQAAWQKLVIGVANALSHKY

Выравнивание 27 с субъединицей бэта гемоглобина Equus caballus (Лошадь домашняя).

hemoglobin subunit beta [Equus caballus] Length=147

GENE ID: 100054109 HBB | hemoglobin, beta [Equus caballus] (10 or fewer PubMed links)

Score = 95.1 bits (235), Expect = 2e-18, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 62/145 (43%), Positives = 84/145 (58%), Gaps = 8/145 (5%)

Query	3	LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQV						56
Sbjct	4	LS +K	V A W KV		E G EAL R+ + +P T+ +F F DLS+		G+ +V	61
		LSGEEKAAVLALWDKVNEE--EVGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGDLSNPGAVMGNPKV
Query	57	KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA						116
Sbjct	62	K HGKKV	+	V H+D++		+ALS+LH KL VDP NF+LL + L+V LA H		121
		KAHGKKVLHSFGEGVHHLDNLKGTFAALSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVVVLARHFGK
Query	117	EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY				141
Sbjct	122	+FTP + AS		K +A V+ L	KY	146
		DFTPELQASYQKVVAGVANALAHKY

Выравнивание 28 с бэта-типом глобина эмбриона Oncorhynchus mykiss (Радужная форель).

embryonic beta-type globin [Oncorhynchus mykiss] Length=147

GENE ID: 100135791 LOC100135791 | embryonic beta-type globin [Oncorhynchus mykiss] (10 or fewer PubMed links)

Score = 94.0 bits (232), Expect = 4e-18, Method: Compositional matrix adjust.

Identities = 49/124 (40%), Positives = 72/124 (59%), Gaps = 6/124 (4%)

Query	24	EYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKG------HGKKVADALTNAVAHVDDM				77
Sbjct	23	+ G	AL R + +P T+ YF +F + +A ++G	HGK V	L AV ++DD+	82
		DVGPAALSRCLVVYPWTQRYFGNFGNLYNAAAIQGNPMVAAHGKTVLRGLDRAVKNMDDI
Query	78	PNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVL				137
Sbjct	83		+ LS LH+ KLRVDP NF+LL+ CL + +AA + A+FT V +		KFLA V + L	142
		KATYAELSVLHSEKLRVDPDNFRLLADCLTIVVAARMGADFTADVQGAFQKFLAVVVSSL
Query	138	TSKY	141
Sbjct	143	+Y	146
		GRQY

Выравнивание 29 с субъединицей бэта-4 гемоглобина Oncorhynchus mykiss (Радужная форель).

hemoglobin subunit beta-4 [Oncorhynchus mykiss] Length=148

GENE ID: 100136291 LOC100136291 | beta-globin [Oncorhynchus mykiss] (10 or fewer PubMed links)

Score = 90.1 bits (222), Expect = 6e-17, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 54/142 (39%), Positives = 80/142 (57%), Gaps = 9/142 (6%)


Query	7	DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS-----HGSAQVKGHG						60
Sbjct	8	+++ +	WGK+	E G +AL R+ + P T+ +F F +LS			G+ V HG	65
		ERSAIVGLWGKISVD--EIGPQALARLLIVSPWTQRHFSTFGNLSTPAAIMGNPAVAKHG
Query	61	KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHL-PAEFT						119
Sbjct	66	K V	L AV ++DD+ N		+ALS +H+ KL VDP NF+LL+ C+ V +AA L PA F+			125
		KTVMHGLDRAVQNLDDIKNTYTALSVMHSEKLHVDPDNFRLLADCITVCVAAKLGPAVFS
Query	120	PAVHASLDKFLASVSTVLTSKY				141
Sbjct	126	+	KFLA V + L		+Y	147
		ADTQEAFQKFLAVVVSALGRQY

Выравнивание 30 с субъединицей бэта-1 гемоглобина Xenopus (Silurana) tropicalis (Водная лягушка силураны).

hemoglobin subunit beta-1 [Xenopus (Silurana) tropicalis] Length=147

GENE ID: 394453 hbg1 | hemoglobin, gamma A [Xenopus (Silurana) tropicalis] (10 or fewer PubMed links)

Score = 86.7 bits (213), Expect = 6e-16, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 47/146 (33%), Positives = 77/146 (53%), Gaps = 10/146 (6%)

Query	3	LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS------HGSAQ 55
Sbjct	4	L+ ++ + W K+ A	G +AL M ++P T+ YF F +LS	H +A
Sbjct	4	LTAKERQLITGTWSKICAKT--LGKQALGSMLYTYPWTQRYFSSFGNLSSIEAIFHNAA- 60
			53

Query	56	VKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLP				115
Sbjct	61	V HG+KV ++	A+ H+DD+	+ LS H+ L VDP NFK	C ++++A L	120
		VATHGEKVLTSIGEAIKHMDDIKGYYAQLSKYHSETLHVDPYNFKRFCSCTIISMAQTLQ
Query	116	AEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY		141
Sbjct	121	+FTP + A+ +K	A+++ L Y	146
		EDFTPELQAAFEKLFAAIADALGKGY

Выравнивание 31 с гемоглобином бэта эмбриональным-2 Danio rerio (Данио рерио, аквариумная рыбка).

hemoglobin beta embryonic-2 [Danio rerio] Length=147

GENE ID: 405772 hbbe2 | hemoglobin beta embryonic-2 [Danio rerio] (10 or fewer PubMed links)

Score = 86.3 bits (212), Expect = 8e-16, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 48/124 (39%), Positives = 72/124 (59%), Gaps = 6/124 (4%)

Query	24	EYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSHGSA-----QVKGHGKKVADALTNAVAHVDDM					77
Sbjct	23	E G +AL+R + +P T+ YF F +L + A		+V HG	V	L A+ ++DD+	82
		EAGPKALQRALIVYPWTQRYFGSFGNLYNAEAIINNPKVAAHGTVVLHGLDRAMKNMDDI
Query	78	PNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVL					137
Sbjct	83	N	+ LS LH+ KL VDP NF+LL+ CL + +A+ + A FT		+ A+	KFLA V + L	142
		KNTYAELSVLHSEKLHVDPDNFRLLADCLTIVIASTMGAAFTADMQAAWQKFLAVVVSAL
Query	138	TSKY	141
Sbjct	143	+Y	146
		QRQY

Выравнивание 32 с белком LOC417972 Gallus gallus (Банкивский петух).

hypothetical protein LOC417972 [Gallus gallus] Length=151

GENE ID: 417972 GBE | eye-globin [Gallus gallus] (10 or fewer PubMed links)

Score = 83.2 bits (204), Expect = 6e-15, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 50/151 (34%), Positives = 77/151 (51%), Gaps = 13/151 (8%)

Query	1	MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF------DLSHGSA								54
Sbjct	1	M	S A+	+ + AW K+	A + G	L RMF P TK+YF HF		+	S	60
		MSFSEAEVQSARGAWEKMYVDAEDNGTAVLVRMFTEHPDTKSYFTHFKGMDSAEEMKQSD
Query	55	QVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDL---HAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLA								111
Sbjct	61	QV+GHGK+V		A+ + V H+D+		L L+ L	HA +L++DP NF+++		+L	118
		QVRGHGKRVFTAINDMVQHLDNTEAFLGILNPLGQKHATQLKIDPKNFRIICDIILQL--
Query	112	AHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR					142
Sbjct	119	+	+F	AS +K	+ T LT+ Y+		147
		--MEEKFGGDCKASFEKVTNEICTHLTNIYK

Выравнивание 33 с цитоглобином-2 Danio rerio (Данио рерио, аквариумная рыбка).

cytoglobin-2 [Danio rerio] Length=179

GENE ID: 554176 cygb2 | cytoglobin 2 [Danio rerio] (10 or fewer PubMed links)

Score = 80.9 bits (198), Expect = 4e-14, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 48/149 (33%), Positives = 78/149 (53%), Gaps = 11/149 (7%)

Query	3	LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS-----HGSAQV					56
Sbjct	19	L+ ++ +K	W +V A + G	L R F++FP+ K YF F D+		S+Q+	78
Sbjct	19	LTDVERGIIKDTWARVYASCEDVGVTILIRFFVNFPSAKQYFSQFQDMEDPEEMEKSSQL					78
Query	57	KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDL----HAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAA					112
		+ H ++V +A+	V ++ D P	+S++ L	HA K +V+PV FK+LS +L	LA

Sbjct 79 RKHARRVMNAINTVVENLHD-PEKVSSVLVLVGKAHAFKYKVEPVYFKILSGVILEILAE 137

Query 113 HLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141

FTP V S K +A++ +T Y

Sbjct 138 EFGECFTPEVQTSWSKLMAALYWHITGAY 166

Выравнивание 34 с цитоглобином Xenopus laevis (Обыкновенная шпорцевая лягушка).

cytoglobin [Xenopus laevis] Length=179

GENE ID: 447575 cygb | cytoglobin [Xenopus laevis] (10 or fewer PubMed links)

Score = 77.0 bits (188), Expect = 5e-13, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 42/149 (29%), Positives = 77/149 (52%), Gaps = 9/149 (6%)

Query	3	LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFD------LSHGSAQV						56
Sbjct	19	++ +++ +K W +V A+		+ G	L R F++FP+ K +F F		GS Q+	78
		ITESERGVIKETWARVYANCEDVGVSILIRFFVNFPSAKQHFSQFKHMEDPLEMEGSVQL
Query	57	KGHGKKVADALTNAVAHVDD---MPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAH						113
Sbjct	79	+ HG++V	A+ + V ++ D	+	LS +	HA K +V+PV FK+L+	+L A	138
		RKHGRRVMGAVNSVVENLGDPEKVTTVLSIVGKSHALKHKVEPVYFKILTGVMLEVFAEE
Query	114	LPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR				142
Sbjct	139	+FTP V	+K + + + + S Y+			167
		YAKDFTPDVQLVWNKLRSLIYSHVQSAYK

Выравнивание 35 с цитоглобином Gallus gallus (Банкивский петух).

cytoglobin [Gallus gallus] Length=179

GENE ID: 427802 CYGB | cytoglobin [Gallus gallus] (10 or fewer PubMed links)

Score = 76.6 bits (187), Expect = 6e-13, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 44/149 (30%), Positives = 76/149 (52%), Gaps = 9/149 (6%)

Query	3	LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFD------LSHGSAQV						56
Sbjct	19	+S A+K	++	W +V A+	+ G L R F++FP+ K YF F		S Q+	78
		ISDAEKKVIQETWSRVYANCEDVGVSILIRFFVNFPSAKQYFSQFKHMDDTLEMERSLQL
Query	57	KGHGKKVADALTNAVAHVDD---MPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAH						113
Sbjct	79	+ H ++V	A+	V ++DD + + L+ +		HA K +V+PV FK L+ +L	+A	138
		RKHAQRVMGAINTVVENLDDPEKVSSVLALVGKAHALKHKVEPVYFKKLTGVMLEVIAEA
Query	114	LPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR				142
Sbjct	139	+FTP	H +	K	+ T +T+ Y+	167
		YGNDFTPEAHGAWTKMRTLIYTHVTAAYK

Выравнивание 36 с цитоглобином Xenopus (Silurana) tropicalis (Водная лягушка силураны).

cytoglobin [Xenopus (Silurana) tropicalis] Length=179

GENE ID: 448640 cygb | cytoglobin [Xenopus (Silurana) tropicalis] (10 or fewer PubMed links)

Score = 76.3 bits (186), Expect = 7e-13, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 42/149 (29%), Positives = 78/149 (53%), Gaps = 9/149 (6%)

Query	3	LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFD------LSHGSAQV							56
Sbjct	19	++ +++	+K	W +V A+	+ G	L R F++FP+ K +F F		GS Q+	78
		ITESERGVIKETWARVYANCEDVGVSILIRFFVNFPSAKQHFSQFKHMEDPLEMEGSVQL
Query	57	KGHGKKVADALTNAVAHVDD---MPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAH							113
Sbjct	79	+ H ++V	A+ + V ++ D		+	LS +	HA K +VDPV FK+L+	+L +A	138
		RKHARRVMGAVNSVVENLGDPEKITTVLSIVGKSHALKHKVDPVYFKILTGVMLEVIAEE
Query	114	LPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR					142
Sbjct	139	+FTP V		+ +K + + + + S Y+			167
		YAKDFTPDVQLAWNKLRSHLYSHVLSAYK

Выравнивание 37 с цитоглобином Oncorhynchus mykiss (Радужная форель).

cytoglobin [Oncorhynchus mykiss] Length=177

GENE ID: 100136084 cygb | cytoglobin [Oncorhynchus mykiss]

Score = 75.9 bits (185), Expect = 1e-12, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 42/140 (30%), Positives = 70/140 (50%), Gaps = 9/140 (6%)

Query	3	LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHG------SAQV		56
Sbjct	19	L +++ +K W KV + + G L R+F++FP++K YF F	SAQ+	78
		LCDSEREMIKDTWAKVYQNCDDVGVAILIRLFVNFPSSKQYFSQFQQVEDPGELERSAQL

Query	57	KGHGKKVADALTNAVAHV---DDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAH			113
Sbjct	79	+ H ++V +A+	V ++	D M + L + HA + V+PV FK+L +L L A	138
		RKHSRRVMNAINTLVENLHDGDKMVSVLKLVGKAHALRHNVEPVYFKILCGVILEVLVAD
Query	114	LPAEFTPAVHASLDKFLASV		133
Sbjct	139	P TP V +	K L ++	158
		FPDYITPEVAVAWTKLLDAI

Выравнивание 38 с цитоглобином-2 Oryzias latipes (Медака, рыбка семейства оризиевых).

cytoglobin-2 [Oryzias latipes] Length=194

GENE ID: 100049377 cygb-2 | cytoglobin-2 [Oryzias latipes] (10 or fewer PubMed links)

Score = 74.3 bits (181), Expect = 3e-12, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 44/148 (30%), Positives = 75/148 (51%), Gaps = 9/148 (6%)

Query	3	LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS-----HGSAQV				56
Sbjct	34	LS A+ ++	WG V +	+ G L R F++FP+ K YF F D+	S+Q+	93
Sbjct	34	LSDAEMEIIQHTWGHVYKNCEDVGVSVLIRFFVNFPSAKQYFSQFQDMQDPEEMEKSSQL				93
Query	57	KGHGKKVADALTNAVAHVDD---MPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAH				113
		+ H ++V +A+	V ++ D	+ + L+ + HA K +V+P+ FK+ S +L	L+

Sbjct	94	RQHARRVMNAINTVVENLQDPEKVSSVLALVGKAHAVKHKVEPIYFKIXSGVMLSVLSED 153
Query	114	LPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY		141
Sbjct	154	P FT V	K +A+V +T Y	181
		FPEFFTAEVQLVWTKLMAAVYWHVTGAY

Выравнивание 39 с цитоглобином-1 Danio rerio (Данио рерио, аквариумная рыбка).

cytoglobin-1 [Danio rerio] Length=174

GENE ID: 246090 cygb1 | cytoglobin 1 [Danio rerio] (10 or fewer PubMed links)

Score = 72.4 bits (176), Expect = 1e-11, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 46/149 (31%), Positives = 72/149 (49%), Gaps = 10/149 (6%)

Query	3	LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS-----HGSAQV					56
Sbjct	16	L+ D ++ W	V A	G L R F +FP+ K YF HF +L		+AQ+	75
		LTEEDVCVIQDTWKPVYAERDNAGVAVLVRFFTNFPSAKQYFEHFRELQDPAEMQQNAQL
Query	57	KGHGKKVADALTNAVAHV---DDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAH					113
Sbjct	76	K HG++V +AL	V ++	D +	+ + HA + +VDPV FK+L+ +L	L	135
		KKHGQRVLNALNTLVENLRDADKLNTIFNQMGKSHALRHKVDPVYFKILAGVILEVLVEA

Query	114	LPAEFTPA-VHASLDKFLASVSTVLTSKY	141
Sbjct	136	P F+PA V +S K + + + Y	164
		FPQCFSPAEVQSSWSKLMGILYWQMNRVY

КОНТРОЛЬНЫЕ ВОПРОСЫ

1.Какие существуют два метода количественного измерения расстояния между двумя данными строками последовательностей?

2.Какие бывают виды штрафов за делеции?

3.Что такое матрица РАМ?

4.Чему соответствует расстояние между последовательностями в 1 РАМ?

5.Показать, чему равна вероятность мутации замены V↔M,если в матрице РАМ250 соответствующая цена мутации равна +2?

6.В чём отличие принципа построения матриц BLOSUM от РАМ?

7.Для выравнивания №39 альфа-субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN с цитоглобином-1 Danio rerio вычислить с помощью матрицы BLOSUM80 и аффинного штрафа за

пропуски γ(g) = −d −(g −1)e (при d =8 и e = 4) счёт следующего фрагмента выравнивания

GAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS-----HGSAQV

GVAVLVRFFTNFPSAKQYFEHFRELQDPAEMQQNAQL

3.АЛГОРИТМЫ ВЫРАВНИВАНИЯ

3.1.АЛГОРИТМ ДИНАМИЧЕСКОГО ПРОГРАММИРОВАНИЯ

Алгоритм глобального оптимального выравнивания двух последо-

вательностей, дающий максимальное количество баллов (максимальный вес (счёт, score)) основан на математическом методе, называемом динами-

ческим программированием.

Основное достоинство этого метода состоит в том, что он гарантирует глобальный оптимум: наилучший результат выравнивания при заданном наборе параметров – матрице замещений и штрафных значениях для пропусков – без каких-либо приближений.

Основной недостаток метода состоит в том, что многие выравнивания двух данных последовательностей могут привести к оптимальному числу баллов, при этом совершенно не обязательно, что хотя бы одно из них имеет отношение к биологически корректному выравниванию (имеет биологический смысл). Например, при сравнении последовательностей α- и β-цепей гемоглобина цыпленка В. Фитч и Т. Смит (W. Fitch и T. Smith) нашли 17 выравниваний, каждое давало одинаковое оптимальное число баллов, из которых корректным, (используя дополнительную информацию о пространственной структуре белков) оказалось только одно. И вообще, оказалось, что для этой задачи существует 1317 выравниваний, которые дают число баллов в пределах 5% от оптимума.

Есть еще один недостаток – время, требуемое для выравнивания двух последовательностей длиной п и т пропорционально размеру редактируемой матрицы, то есть, пропорционально произведению m ×n . Вычислительную сложность алгоритма обозначают O( f ) . Поскольку обычно п и т одного порядка, про алгоритм говорят, что он требует

O(n2 ) времени (или памяти). В области анализа биологических после-

довательностей обычными компьютерами (а не суперкомпьютерами)

алгоритмы O(n2 ) дают удовлетворительные результаты, а вот алгоритмы

O(n3 ) возможно применять только для очень коротких последователь-

ностей.

Таким образом, метод динамического программирования будет слишком медленным при поиске соответствия для пробной последовательности в полной базе данных последовательностей, и ещё меньше он подходит для выравниваний "все-против-всех". Проблема поиска в базе данных – это на самом деле проблема поиска соответствия

Смотрите также:


«ДОХОДЫ, РАСХОДЫ И ПРИБЫЛЬ КОММЕРЧЕСКОГО БАНКА.»
«ДОХОДЫ, РАСХОДЫ И ПРИБЫЛЬ КОММЕРЧЕСКОГО БАНКА.»
Значение, сущность и содержание социально — педагогической деятельности в организации для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей
Проактивные методы PR-деятельности российских авиационных компаний «Россия», «Азимут»
__RGR2
__RGR2
_10_Эмиль Золя для эл версии
_11_А. Франс для эл версии
_3 тема - Диффузия