Материал: Огурцов А. Н. Методы бииоинформационного анализа

Внимание! Если размещение файла нарушает Ваши авторские права, то обязательно сообщите нам

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1.Огурцов А.Н. Введение в биоинформатику / А.Н. Огурцов. – Х. : НТУ

"ХПИ", 2011. – 208 с.

2.Огурцов А.Н. Введение в биофизику. Физические основы биотехнологии / А.Н. Огурцов. – Х. : НТУ "ХПИ", 2008. – 320 с.

3.Огурцов А.Н. Введение в молекулярную биофизику / А.Н. Огурцов. –

Х. : НТУ "ХПИ", 2011. – 160 с.

4.Огурцов А.Н. Основы молекулярной биологии : в 2-х ч. – Ч. 1. Молекулярная биология клетки / А.Н. Огурцов. – Х. : НТУ "ХПИ", 2011. – 304 с.

5.Огурцов А.Н. Основы молекулярной биологии : в 2-х ч. – Ч. 2. Молекулярные генетические механизмы / А.Н. Огурцов. – Х. : НТУ "ХПИ", 2011. – 240 с.

6.Lesk A.M. Introduction to bioinformatics / Lesk A.M. – Oxford : Oxford University Press, 2002. – 255 p.

7.Ignacimuthu S. Basic bioinformatics / S. Ignacimuthu. – New Dehli : Narosa Publishing House, 2006. – 206 p.

8. Henikoff S. Amino acid substitution matrices from protein blocks /

S.Henikoff, J.G. Henikoff // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. – 1992. – V.89. –

P.10915–10919.

9.Bioinformatics. A practical guide to the analysis of genes and proteins / Ed. by A.D. Baxevanis, B.F.F Ouellette. – New York : Wiley, 2001. – 470 p.

10.Griffiths J.F. An introduction to genetic analysis / Griffiths J.F., Wessler S.R., Lewontin R.C., Gelbart W.M., Suzuki D.T., Miller J.H. – New York :

W.H. Freeman Publishers, 2005. – 706 p.

110

11.Computational Biology / Ed. by D. Fenyo. – New York : Humana Press, 2010. – 327 p.

12.Brown S.M. Bioinformatics. A guide to biocomputing and the Internet / S.M. Brown. – Natick : Eaton Publishing, 2000. – 188 p.

13.Edwards D. Bioinformatics. Tools and applications / D. Edwards, J. Stajich,

D.Hansen. – New York : Springer, 2009. – 451 p.

14.Fulekar M.H. Bioinformatics: Applications in life and environmental Sciences / M.H. Fulekar. – Berlin : Springer, 2009. – 247 p.

15.Marcus F.B. Bioinformatics and systems biology. Collaborative Research and Resources / F.B. Marcus. – Berlin : Springer, 2008. – 287 p.

16.Ramsden J. Bioinformatics. An introduction / J. Ramsden. – Berlin : Springer, 2009. – 271 p.

17.Selzer P.M. Applied bioinformatics. An introduction / P.M. Selzer, R.J. Marhöfer, A. Rohwer. – Berlin : Springer, 2008. – 287 p.

18.Setubal J. Introduction to computational molecular biology / J. Setubal,

J.Meidanis. – Boston : Thomson, 1997. – 320 p.

19.Stephenson F.H. Calculations for molecular biology and biotechnology / F.H. Stephenson. – Amsterdam : Elsevier, 2003. –302 p.

20.Дурбин Р. Анализ биологических последовательностей / Р. Дурбин, Ш. Эдди, А. Крог, Г. Митчисон. – М.-Ижевск : РХД, 2006. – 480 с.

21. Огурцов А.Н. Введение в молекулярную биотехнологию /

А.Н. Огурцов. – Х. : НТУ "ХПИ", 2008. – 152 с.

22.Огурцов А.Н. Молекулярная биотехнология клетки / А.Н. Огурцов. –

Х. : НТУ "ХПИ", 2009. – 120 с.

23.Огурцов А.Н. Введение в бионанотехнологию / А.Н. Огурцов. – Х. :

НТУ "ХПИ", 2010. – 136 с.

24.Огурцов А.Н. Физико-химические основы биотехнологии. Биотермодинамика / А.Н. Огурцов, О.Н. Близнюк. – Х. : НТУ "ХПИ", 2011. – 256 с.

25.Огурцов А.Н. Нанобиотехнология. Основы молекулярной биотехнологии / А.Н. Огурцов. – Х. : НТУ "ХПИ", 2011. – 384 с.

26.Биоинформатика – Bioinformatics – Prof. A.N. Ogurtsov. – Интернетресурс. – http://sites.google.com/site/anogurtsov/lectures/bi/ .

111

СОДЕРЖАНИЕ

 

Вступление

3

1. Анализ биологических последовательностей

4

1.1. Выравнивание биологических последовательностей

4

1.2. Точечная матрица сходства

7

1.3. Точечные матрицы и выравнивание последовательностей

17

2. Матрицы замен

24

2.1. Мера сходства последовательностей

24

2.2. Вес операций редактирования

25

2.3. Матрицы PAM

28

2.4. Матрицы BLOSUM

33

2.5. Вычисление счёта выравнивания двух последователь-

 

ностей

37

3. Алгоритмы выравнивания

58

3.1. Алгоритм динамического программирования

58

3.2. Алгоритм глобального выравнивания

62

3.3. Алгоритм локального выравнивания

66

3.4. Приближённые методы для быстрого поиска в базах

 

данных

69

3.5. Значимость выравниваний

71

112

 

4. Множественное выравнивание последовательностей

76

4.1. Визуализация результатов выравнивания

77

4.2. Методы множественного выравнивания

80

4.3. Скрытые марковские модели

86

5. Филогенетический анализ

92

5.1. Гомология

92

5.2. Филогения

95

5.3. Фенетика

97

5.4. Кладистические методы

101

5.5. Базы данных филогенетического анализа

107

Список литературы

110

113

Навчальне видання

ОГУРЦОВ Олександр Миколайович

МЕТОДИ БІОІНФОРМАЦІЙНОГО АНАЛІЗУ

Навчальний посібник з курсу «Біоіформатика та інформаційна біотехнологія»

для студентів напряму підготовки 051401 «Біотехнологія», в тому числі для іноземних студентів

Російською мовою

Відповідальний за випуск М.Ф. Клещев Роботу до видання рекомендувала М.Г. Зінченко В авторській редакції

План 2011 р., поз. 119 / 100-11.

Підп. до друку 04.07.2011 р. Формат 60×84 1/16. Папір офісний. Riso-друк. Гарнітура Таймс. Ум. друк. арк. 6,6. Наклад 100 прим.

Зам. № 236. Ціна договірна

Видавничий центр НТУ «ХПІ».

Свідоцтво про державну реєстрацію ДК № 3657 від 24.12.2009 р. 61002, Харків, вул. Фрунзе, 21

Друкарня НТУ «ХПІ». 61002, Харків, вул. Фрунзе, 21