СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
1.Огурцов А.Н. Введение в биоинформатику / А.Н. Огурцов. – Х. : НТУ
"ХПИ", 2011. – 208 с.
2.Огурцов А.Н. Введение в биофизику. Физические основы биотехнологии / А.Н. Огурцов. – Х. : НТУ "ХПИ", 2008. – 320 с.
3.Огурцов А.Н. Введение в молекулярную биофизику / А.Н. Огурцов. –
Х. : НТУ "ХПИ", 2011. – 160 с.
4.Огурцов А.Н. Основы молекулярной биологии : в 2-х ч. – Ч. 1. Молекулярная биология клетки / А.Н. Огурцов. – Х. : НТУ "ХПИ", 2011. – 304 с.
5.Огурцов А.Н. Основы молекулярной биологии : в 2-х ч. – Ч. 2. Молекулярные генетические механизмы / А.Н. Огурцов. – Х. : НТУ "ХПИ", 2011. – 240 с.
6.Lesk A.M. Introduction to bioinformatics / Lesk A.M. – Oxford : Oxford University Press, 2002. – 255 p.
7.Ignacimuthu S. Basic bioinformatics / S. Ignacimuthu. – New Dehli : Narosa Publishing House, 2006. – 206 p.
8. Henikoff S. Amino acid substitution matrices from protein blocks /
S.Henikoff, J.G. Henikoff // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. – 1992. – V.89. –
P.10915–10919.
9.Bioinformatics. A practical guide to the analysis of genes and proteins / Ed. by A.D. Baxevanis, B.F.F Ouellette. – New York : Wiley, 2001. – 470 p.
10.Griffiths J.F. An introduction to genetic analysis / Griffiths J.F., Wessler S.R., Lewontin R.C., Gelbart W.M., Suzuki D.T., Miller J.H. – New York :
W.H. Freeman Publishers, 2005. – 706 p.
110
11.Computational Biology / Ed. by D. Fenyo. – New York : Humana Press, 2010. – 327 p.
12.Brown S.M. Bioinformatics. A guide to biocomputing and the Internet / S.M. Brown. – Natick : Eaton Publishing, 2000. – 188 p.
13.Edwards D. Bioinformatics. Tools and applications / D. Edwards, J. Stajich,
D.Hansen. – New York : Springer, 2009. – 451 p.
14.Fulekar M.H. Bioinformatics: Applications in life and environmental Sciences / M.H. Fulekar. – Berlin : Springer, 2009. – 247 p.
15.Marcus F.B. Bioinformatics and systems biology. Collaborative Research and Resources / F.B. Marcus. – Berlin : Springer, 2008. – 287 p.
16.Ramsden J. Bioinformatics. An introduction / J. Ramsden. – Berlin : Springer, 2009. – 271 p.
17.Selzer P.M. Applied bioinformatics. An introduction / P.M. Selzer, R.J. Marhöfer, A. Rohwer. – Berlin : Springer, 2008. – 287 p.
18.Setubal J. Introduction to computational molecular biology / J. Setubal,
J.Meidanis. – Boston : Thomson, 1997. – 320 p.
19.Stephenson F.H. Calculations for molecular biology and biotechnology / F.H. Stephenson. – Amsterdam : Elsevier, 2003. –302 p.
20.Дурбин Р. Анализ биологических последовательностей / Р. Дурбин, Ш. Эдди, А. Крог, Г. Митчисон. – М.-Ижевск : РХД, 2006. – 480 с.
21. Огурцов А.Н. Введение в молекулярную биотехнологию /
А.Н. Огурцов. – Х. : НТУ "ХПИ", 2008. – 152 с.
22.Огурцов А.Н. Молекулярная биотехнология клетки / А.Н. Огурцов. –
Х. : НТУ "ХПИ", 2009. – 120 с.
23.Огурцов А.Н. Введение в бионанотехнологию / А.Н. Огурцов. – Х. :
НТУ "ХПИ", 2010. – 136 с.
24.Огурцов А.Н. Физико-химические основы биотехнологии. Биотермодинамика / А.Н. Огурцов, О.Н. Близнюк. – Х. : НТУ "ХПИ", 2011. – 256 с.
25.Огурцов А.Н. Нанобиотехнология. Основы молекулярной биотехнологии / А.Н. Огурцов. – Х. : НТУ "ХПИ", 2011. – 384 с.
26.Биоинформатика – Bioinformatics – Prof. A.N. Ogurtsov. – Интернетресурс. – http://sites.google.com/site/anogurtsov/lectures/bi/ .
111
СОДЕРЖАНИЕ |
|
Вступление |
3 |
1. Анализ биологических последовательностей |
4 |
1.1. Выравнивание биологических последовательностей |
4 |
1.2. Точечная матрица сходства |
7 |
1.3. Точечные матрицы и выравнивание последовательностей |
17 |
2. Матрицы замен |
24 |
2.1. Мера сходства последовательностей |
24 |
2.2. Вес операций редактирования |
25 |
2.3. Матрицы PAM |
28 |
2.4. Матрицы BLOSUM |
33 |
2.5. Вычисление счёта выравнивания двух последователь- |
|
ностей |
37 |
3. Алгоритмы выравнивания |
58 |
3.1. Алгоритм динамического программирования |
58 |
3.2. Алгоритм глобального выравнивания |
62 |
3.3. Алгоритм локального выравнивания |
66 |
3.4. Приближённые методы для быстрого поиска в базах |
|
данных |
69 |
3.5. Значимость выравниваний |
71 |
112 |
|
4. Множественное выравнивание последовательностей |
76 |
4.1. Визуализация результатов выравнивания |
77 |
4.2. Методы множественного выравнивания |
80 |
4.3. Скрытые марковские модели |
86 |
5. Филогенетический анализ |
92 |
5.1. Гомология |
92 |
5.2. Филогения |
95 |
5.3. Фенетика |
97 |
5.4. Кладистические методы |
101 |
5.5. Базы данных филогенетического анализа |
107 |
Список литературы |
110 |
113
Навчальне видання
ОГУРЦОВ Олександр Миколайович
МЕТОДИ БІОІНФОРМАЦІЙНОГО АНАЛІЗУ
Навчальний посібник з курсу «Біоіформатика та інформаційна біотехнологія»
для студентів напряму підготовки 051401 «Біотехнологія», в тому числі для іноземних студентів
Російською мовою
Відповідальний за випуск М.Ф. Клещев Роботу до видання рекомендувала М.Г. Зінченко В авторській редакції
План 2011 р., поз. 119 / 100-11.
Підп. до друку 04.07.2011 р. Формат 60×84 1/16. Папір офісний. Riso-друк. Гарнітура Таймс. Ум. друк. арк. 6,6. Наклад 100 прим.
Зам. № 236. Ціна договірна
Видавничий центр НТУ «ХПІ».
Свідоцтво про державну реєстрацію ДК № 3657 від 24.12.2009 р. 61002, Харків, вул. Фрунзе, 21
Друкарня НТУ «ХПІ». 61002, Харків, вул. Фрунзе, 21