Часть земель находилась в руках еще остававшихся удельных князей и богатых бояр. Это мешало становлению единовластия и сохранению единства русских земель. Многие крупные землевладельцы постоянно обращались за военной помощью к иностранцам. В государственных интересах было необходимо вести политику объединения русских земель, уничтожения уделов, истребления сепаратизма, путем развития централизации управления и, в особенности, посредством создания войска, которое должно было служить орудием дальнейшего расширения и укрепления государства. Государство продолжает удерживать руководство массами среднего и мелкого дворянства. Опираясь на эти массы, как на военную и административную организацию, которая смогла бы сломить отставшую крупную феодальную аристократию. Но эта опора была еще слаба, для укрепления требовалась земля и обрабатывающие ее крестьяне.
Вотчинникам, получившим владения, запрещалось продавать и дарить пожалованные земли. Такие феодалы стали называться помещиками, а их владения - поместьями. Изначально они мало чем отличались от вотчин: фактически они наследовались, а сами вотчинники также были обязаны служить. Основным новшеством стало то, что их владения было запрещено дарить или продавать. Большая часть людей ставших первыми помещиками - это мелкие слуги великих князей, потомки старых вотчинных родов, материальное состояние которых пошатнулось в их число входили также переселенцы из Новгородских земель и в Новгородские земли.
Впоследствии начался процесс передачи помещикам земель черносошных крестьян. Отданная в поместье земля, формально не меняла своего верховного собственника, т.е. великого князя всея Руси; изменялся только получатель повинностей. Кроме этого, помещик должен был выступать покровителем своих крестьян и обязан был «стоять» за их земли. На первых порах примирило черносошных крестьян с их новым статусом помещичьих. Власти же, отдавая помещикам черные земли, а не вотчинникам, могли не опасаться, что затем она отойдет монастырю. Поэтому поместья в гораздо большей мере, чем вотчины, оказались приспособлены к поглощениям черных земель. Дальнейшее расширение поместной системы привело к резкому сокращению количества черносошного крестьянского землевладения в центральной части государства. Уже вначале первой трети XVI в., практически, во всех уездах государства уже существовали поместья, и во многих уездах происходили массовые раздачи земель.
Несмотря на то, что укрепление централизованного государства было в итоге одной из причин приведших к закрепощению крестьянства, поначалу их положение немного даже улучшилось. Положительным фактором было прекращение междоусобица феодалов. После конфискаций проведённых Иваном III в Новгороде, местные крестьяне поначалу стали черносошными, что сделало их положение существенно более легким. Передача новым владельцам этих земель затянулась надолго6 иногда на три-четыре десятилетия. Находившееся под защитой государства дворянство в XVI в. переживает эпоху подъёма, эпоху созидательной деятельности. Оно дает государственных деятелей, искателей торговых путей, публицистов, богословов и философов.
В эту же эпоху расширяются связи Русского государства с другими странами, связи политические, торговые и культурные с Германией, Польшей, Великим княжеством Литовским, Италией и Германией, а также со странами Востока. Все это позволяло для проводить активную внешнюю политику и русское государство начало играть важную роль в международных отношениях.
Основным действующим лицом на первом этапе был Иван III. Сильный государственный деятель, успешно проводивший политику объединение земель. Его правление дало основу для создания нового типа государства, действующего на протяжении всего XVI в. Именно при нем начались выстраиваться отношения с церковью, как с важным партнером в политической жизни. Примером такого сотрудничества можно назвать проведение церковного собора 1503 г., созванного для решения разногласий в религиозных кругах. На нем присутствовали как иосифляне в лице архиепископа Новгородского Геннадия и епископа Нифонта Суздальского, так и близкие к нестяжателям епископы тверской Вассиан и коломенский Никон. Собор был созван для разрешения спорных вопросов церковной жизни. Были приняты решения о запрете священствования вдовым попам, монахам и монахиням жить в одном монастыре совместно, а церковным иерархам взимать мзду за назначение священников.
С подачи великого князя сторонники нестяжателей подняли политически важный вопрос о секуляризаций церковных земель. Это показывает, что формируется тенденция использования государственной властью различных церковных течений в своих интересах.
Также при Иване III начинает проявляться стремление связать власть великих князей с властью Византийских императоров. Женитьба на Софии Палеолог и титул «Царя» прямое тому подтверждение. Но все же он продолжал оставаться политиком своего времени. Это видно, в том числе, и из его отношения к государству, как к личной собственности или вотчине и отношение к тогдашним традициям. Как пример можно привести то, что в конце правления Иван III выделил младшим братьям Василия III удельные княжества, пусть эти земли все вместе взятые не могли превышать в разы увеличенный надел старшего сына. Было заметно изменено право пользования этих территорий. Тем самым он поставил созданное им единое государство под удар, поскольку именно удельные князья постоянно были источником династических смут. Однако он ни мог не подчиниться средневековой традиции. Подчиняясь еще одной традиции, Иван III венчает на Царство Дмитрия-внука бывшего старшим сыном его сына.
Однако в ходе политической борьбы к власти приходит Василий III. Его политическая миссия заключалась в завершении дела отца, то есть полной ликвидации удельных княжеств и становления централизованного государства, опирающегося на служивое сословие.
Первым шагом была дискредитация законно венчаного на царство Дмитрия-внука сторонники которого имели в то время довольно сильное влияние в обществе. Однако они были подвержены идеям религиозного еретического течения «жидовствующих», чем и воспользовались сторонники Василия Ивановича. По обвинению в ереси была отправлена в тюрьму мать Дмитрия Елена Волошанка. Сразу после этого начались гонения на еретиков, особенно на находившихся под покровительством Елены. Это серьезно ослабило политическое положение официального наследника и позволило Василию в церковных кругах приобрести славу борца с ересью.
Эти события подняли авторитет князя, но это было мало. Необходим был некий жест, громкий символический акт, который продемонстрировал бы социальные симпатии Василия III - причем такой, который не смогли бы повторить его оппоненты. Выход из ситуации он увидел в предстоящей свадьбе. Он сделал беспрецедентный в московской истории поступок, взял в жены не иностранную принцессу, не княжну, а невесту из семьи служилых людей, хотя и из старомосковского боярства. Это было довольно смелое заявление, которое можно было толковать как жест, обращенный к боярам, дающий им право на равное положение со старой аристократией.
Следующим шагом было продолжение объединения русских земель были присоединены в 1510 г. Псков и в 1516-1521гг. Рязань. По итогам успешной войны с Литвой, которая завершилась в 1514 г. был возвращен Смоленск. Но продвижение на запад приостановилось из-за определенных затруднений, таких как: тяжелые и продолжительные войны со Швецией и польско-литовским государством. Однако укрепились отношения с некоторыми балтийскими странами такими как Дания, это позволило перенять необходимы технический опыт для создания защитных полос от крымских татар, строительство которых продолжалось в 20-30 гг. XVI в. Улучшения отношении с Священной Римской империей позволило добиться признания ею права Москвы на Киев, следовательно и на прочие русские земли.
Отношения великого князя с братьями, пытавшимися бежать в Польшу или Литву, были натянутыми, особенно, после того как Василий III запретил им жениться им до того как появится наследник престола. А поскольку в браке великого князя с Соломонией Сабуровой за двадцать лет брака не было детей, то большинство братьев умерло без наследников. Это также способствовало объединению земель. Впоследствии проблема отсутствия наследника приобрела очень острый характер.
В официальной версии расторжения брака с Соломонией Сабуровой, говорилось о желании самой княгини уйти в монастырь из-за своей неполноценности, чтобы избавить супруга от своего присутствия и дать возможность завести наследника. Однако на самом деле все было вовсе не так. В ноябре 1525 года было произведено расследование «о неплодстве» великой княгини, во время которого она было объявлена бесплодной. В процессе следствия великий князь обвинял Соломонию в связи с нечистой силой и ворожбе. Такие обвинения должен был рассматривать церковный суд. Дабы избежать компрометации семьи великого князя, Соломония не была подвергнута суду, а всего лишь заключена в монастырь. Против вызвавшего скандал развода выступали многие церковные и государственные деятели: митрополит Варлаам, архимандрит Савва Грек, крестовый дьяк великого князя Федор Жареный, Вассиан Патрикеев, видный дипломат Берсень Беклемишев и другие. Почти все они были арестованы и казнены по надуманному обвинению в поддержке претензий на великокняжеский стол Юрия Дмитровского.
После смерти в 1534 году Василия III, по его завещанию при малолетнем наследнике (будущем Иване IV) главой боярской думы должен был стать митрополит Даниил. Это давало возможность русской церкви укрепить пошатнувшийся авторитет, однако он проводил соглашательскую политику с сильными мира сего. Также незадолго до смерти Василия III был сформирован опекунский совет получивший название «семибоярщины», однако из за политической борьбы различных боярских партий совет существовал лишь номинально.
Положение Даниила было непрочным, многие бояре выступали против нахождения его на митрополичьей кафедре, после смерти в 1538 Елены Глинской и передачи регентства в руки боярской думы, положение его стало еще более шатким. Началась борьба за власть. Занявший доминирующее положение в боярской думе князь Василий Шуйский заключил в тюрьму своего соперника князя Ивана Федоровича Бельского, следующей жертвой должен был стать митрополит Даниил которого спасла только смерть Василия Шуйского. Власть перешла к его брату Ивану Шуйскому. Как вспоминал впоследствии сам Иван IV, «князь Василий и Иван Шуйские самовольно навязались в опекуны и таким образом воцарились», а его и брата «начали воспитывать как чужеземцев или последних бедняков». По инициативе Шуйских митрополичью кафедру занимает Иосаф Скрипицын занимавший свой пост недолго, по прошествии менее трех лет он был вынужден покинуть его и удалиться в ссылку в Кирилло-Белозерский монастырь. Впоследствии он был переведен в Троице-Сергиев монастырь где в последствии в 1555 г. И скончался. Беспрецедентное смещение митрополитов служило соблазном государственной власти и впоследствии бесцеремонно обращаться с неугодными церковными иерархами. Поскольку боярское правление при малолетнем великом князе продолжалось, то и преемник Иосафа не мог надеяться на мирное существование.
Величайшим счастьем для русской церкви в это время стало то что ее возглавил выдающийся церковный деятель митрополит Макарий, которому удалось не только сохранить свой пост в течении долгого времени, но и, наконец, укрепить её сильно пошатнувшийся авторитет.
Макарий был едва ли не единственным государственным деятелем положительно влиявшим на формирование характера будущего государя обуздывая его неукротимый нрав.
Будучи до принятия пострига семейным человеком, Макарий пытался смягчить принятую тогда у епископов деспотическую манеру общения в отношении белого духовенства. Не отягощал его поборами, защищал от произвола церковных чиновников.
декабря 1546 г. юный великий князь сообщил Макарию о своем решении жениться, а незадолго до этого сам Макарий выступил с инициативой венчания Ивана на царство, которое состоялось 16 января 1547 г.. Принятие титула царя позволяло укрепить дипломатические позиции в отношениях с государствами Европы.
По мнению митрополита Макария Русская церковь страдая явными внутренними недостатками, тем не менее оставалась единственной на свете выразительницей христианских истин. Вследствие этого целью свое жизни он считал исправление с помощью царя накопившиеся в течении веков недостатки и оказать всему христианскому миру её добродетельность, сделав её достойной своего призвания.
Продолжавшиеся процессы централизации и усиления власти государства несомненно ставили вопрос о месте церкви в государстве, о её положении. Не имевшее больших доходов государство с завистью смотрело на огромные церковные богатства. В 1550 году была достигнута продиктованная потребностями царской казны договоренность о запрещении основания монастырями новых слобод в городах и расширении старых. Бежавшие посадские люди «выводились» из монастырских слобод назад.
Тем не менее, такие половинчатые меры не удовлетворяли светские власти и в начале 1551 г. был созван церковный собор на котором были озвучены проникнутые нестяжательским духом составленные духовником царя Сильвестром царские вопросы. Ответы на эти вопросы были составлены в сто глав и по ним собор получил имя Стоглава или Стоглавого.
Царское окружение и самого царя интересовало “достойно ли монастырям приобретать земли и получать различные льготные грамоты”.
На основании решений собора прекращалась царская помощь монастырям, имевшим села и другие виды владений. Было запрещено ссужать в рост средства из казны монастырей, чем лишал их постоянного дохода. Программа, изложенная в вопросах царя, встретила ожесточенное сопротивление со стороны ряда участников собора. Намеченный Избранной Радой план царских реформ был отклонен в наиболее важных пунктах. Все это вызвало гнев царя, обрушившийся на наиболее одиозных представителей Стоглавого собора.
Впоследствии с 11 мая 1551 г. запрещалось без уведомления царя приобретение вотчинных земель, были конфискованы переданные в малолетство Ивана IV боярские земли. Этим устанавливался контроль государства над оборотом земель церкви, хотя они сами по прежнему были в ее руках и после 1551 г.
Проводились реформы и во внутрицерковной жизни. Были утверждены церковные обряды, принимались меры по уничтожению безнравственности духовенства. Тем самым Избранная рада своими реформами укрепившими положение дворянства в противовес боярскому сословию, восстановившими авторитет церкви начала создание единого сословно-представительского государства. К сожалению, результаты реформ были практически уничтожены в 60е годы XVI в. Причин этому было несколько, как внешних (Ливонская война), так и внутренних (опричнина, смерть и отход от активной деятельности членов Избранной Рады).
Большую роль также сыграла сама личность Ивана IV, обладавшего помимо таланта правителя государства также и неустойчивой психикой и гипертрофированным самолюбием. Фактически реформы прекратились к концу 1559 г., а в 1560 году окончательно оформился разрыв Ивана IV с участниками Избранной Рады и они попали в опалу.
Впоследствии в 1564 г. Иван IV вместе с семьей внезапно покинул Москву и после визита в Троице-Сергиев монастырь отправился в Александровскую слободу, бывшую его летней резиденцией. Оттуда в начале 1565 г. была отправлена грамота духовенству, боярам и служилому сословию с обвинениями в измене, после чего по требованию народа он возвращается на престол, поставив условием учреждение «опричины» (т.е. личного удела государя). Другая часть государства не вошедшая в состав опричины стала именоваться «земщиной» и управлялась Боярской думой. По сути дела опричина стала государством в государстве. Она имела собственную казну, опричники были личной гвардией государя. Были введены особые знаки отличия собачья голова на шее коня опричника, а у колчана метла. Это должно было обозначать то, что члены опричины «грызут» изменников и «выметают» саму измену.