Материал: Введение в нанотехнологии (Рыбалкина), c.87

решения проблемы манипулирования атомами он ввел понятие специальных устройств – наномашин или ассемблеров.

Чтобы представить себе эти машины, нужно сначала дать наглядное представление о молекулах. Мы можем изобразить атомы как бусинки, а молекулы как группы бусинок, соединённые между собой кусочками нитки. На самом деле, химики иногда представляют молекулы наглядно, строя модели из пластмассовых бусинок (некоторые из которых связаны в нескольких направлениях чем-то, подобным спицам). Атомы имеют круглую форму подобно бусинам, и хотя молекулярные связи - не кусочки нитки, наша визуальая модель, как минимум, даёт важное представление о том, что связи могут быть порваны и восстановлены 5.

Наномашины должны уметь захватывать отдельные атомы или молекулы и соединять их между собой, причем не хаотично, а в соответствии с заданным наперед алгоритмом. Важно отметить, что такие машины уже тысячи лет превосходно функционируют в природе, и примером их работы может служить механизм биосинтеза белка рибосомами. Из курса общей биологии вы должны помнить каким образом молекула рибосомы конструирует белок, "считывая" из молекул РНК "инструкции" для построения белка определенного вида.

За более подробным описанием этого механизма мы отсылаем интересующихся к соответствующей специализированной литературе, нам же важно лишь вкратце напомнить читателям основные моменты этого процесса.

Белки – это обязательная составная часть всех клеток, обеспечивающая их жизнедеятельность. Роль белков в организме чрезвычайно разнообразна.

Так, различают белки-гормоны, участвующие в управлении всеми жизненными процессами организма, его ростом и размножением. На сетчатке нашего глаза возникает изображение видимых предметов благодаря особому светочувствительному белку – родопсину. Мы способны двигаться, потому что наши мышцы сокращаются и расслабляются благодаря сократительным белкам миозину и актину. Все химические процессы в организме протекают при участии специальной группы белков–ферментов. Без них невозможны пищеварение, усвоение кислорода, обмен веществ, свертывание крови и пр. Белки выполняют и защитные функции – при попадании в организм болезнетворных бактерий или инородных тел в организме вырабатываются белки-иммуноглобулины, призванные нейтрализовать вредное воздействие болезнетворных или токсичных веществ.

При знакомстве с таким разнообразием белков и их функций, весьма неожиданным оказывается тот факт, что все белки растительного и животного мира

– от химически инертных до биологически активных - состоят из одних и тех же аминокислот, являющихся звеньями в цепи белковых молекул и соединенных между собой прочной химической связью, называемой пептидной. Внешне молекула белка (называемая полипептидом), подобна последовательности бусинок на нити, где роль бусинок выполняют молекулы аминокислот. В составе большинства белков находится в среднем до 300-500 таких "бусинок".

Количество существующих в природе аминокислот ограничено – всего 20 видов, поэтому их можно уподобить 20 "буквам" особого "химического алфавита", из которых составлены белки - "слова" длиной в 300-500 букв.

5 Э. Дрекслер "Машины созидания"

11

С помощью 20 букв можно написать огромное количество таких длинных слов. Если учесть, что замена или перестановка хотя бы одной буквы в слове

придаст ему новый смысл, то число возможных комбинаций букв в слове длиной в 500 символов составит 20500.

Полипептидная цепь каждого белка построена из свойственной только этому белку комбинации аминокислот - только определенное число и только в определенной последовательности.

Уникальность характерной для того или иного белка комбинации аминокислот и определяет его химические и биологические свойства. Перестановка всего лишь одного аминокислотного звена на другое место, его замена или потеря приведет к очень значительному изменению свойств белковой молекулы.

Значит, при синтезе (построении) отдельного белка крайне важно владеть точной информацией о чередовании аминокислотных звеньев в его структуре. В природе такая информация хранится на специальном носителе - молекуле ДНК, в которой содержится информация о структуре всех существующих в организме белков.

Отрезок молекулы ДНК, в котором содержится информация о последовательности аминокислот в одном белке называется геном, поэтому информацию, хранящуюся в ДНК, называют генетической, а ген является единицей наследственного материала. В ДНК содержится до нескольких сот генов.

Молекула ДНК (дезоксирибонуклеиновая кислота) представляет собой две спирально закрученные одна вокруг другой нити. Ширина такой двойной спирали около 2 нм. Длина же – в десятки тысяч раз больше – она достигает несколько сотен тысяч нанометров. За открытие двойной спирали ДНК, несущей наследственную информацию, в 1962 году ученые Уотсон и Крик получили Нобелевскую премию.

Нити ДНК представляют собой цепи из последовательно расположенных

нуклеотидов.

Нуклеотиды – это органические вещества, состоящие из трех соединенных друг с другом молекул: азотистого основания, пятиуглеродного сахара (пентозы) и остатка фосфорной кислоты. Названия нуклеотидам дают по имени одного из 4-х типов азотистых оснований, входящего в их состав – аденин, гуанин, цитозин и тимин (А, Г, Ц, Т).

Порядок расположение четырех типов нуклеотидов в цепях ДНК очень важен - он определяет порядок расположения аминокислот в белковых молекулах, то есть их структуру.

Чтобы понять, каким образом в ДНК запрограммирована первичная структура белка, стоит вспомнить азбуку Морзе, по которой все буквы алфавита, знаки препинания и цифры обозначаются комбинацией коротких (точка) и длинных (тире) сигналов. Оказывается, подобный код или шифр существует и в ДНК! Как в азбуке Морзе каждой букве соответствует определенное сочетание точек и тире, так в коде ДНК определенное сочетание последовательно расположенных нуклеотидов соответствует определенным аминокислотам в молекуле белка. Знать код ДНК – значит знать, какое сочетание нуклеотидов соответствует каждой аминокислоте.

Для того, чтобы закодировать все возможные цифры, буквы и знаки препинания нам хватает всего двух символов (точка и тире). Поскольку существует

12

всего 4 вида нуклеотидов (т.е. вдвое больше, чем шифрующих элементов в азбуке Морзе), и 20 видов аминокислот (что гораздо меньше, чем букв в алфавите, не говоря о цифрах и знаках препинания), то очевидно, что для того, чтобы закодировать одну аминокислоту, уникального сочетания из трех нуклеотидов будет вполне достаточно. (Из 4 нуклеотидов можно создать 64 комбинации, по три нуклеотида в каждой: 43=64).

Такое cочетание называется триплетом или кодоном. 64 комбинаций с избытком хватает для кодирования 20 аминокислот,

Код ДНК обладает однозначностью (т.е. один триплет шифрует не более одной аминокислоты) и универсальностью (т.е. для всего живущего и растущего на Земле– бактерий, грибов, злаков, муравья, лягушки, лошади, человека – одни и те же триплеты кодируют одни и те же аминокислоты). В настоящене время код ДНК расшифрован полностью, т.е. для каждой аминокислоты точно установлен состав кодирующих ее триплетов.

Еще раз напоминаем читателям, что замена или удаление хотя бы одного нуклеотида в последовательности ДНК, приведет к нарушению структуры синтезируемых белков. Поскольку генетический код подобен языку, то наглядным примером этому может послужить следующая фраза, составленная из буквенных триплетов:

жил был кот тих был сер мил мне тот кот

Несмотря на отсутствие знаков препинания нам понятен и смысл и логика этого "предложения". Если же мы уберем первую букву в этой фразе, но читать будем также триплетами, то получится бессмыслица:

илб ылк отт ихб ылс ерм илм нет отк от

Похожая генетическая бессмыслица возникает и при выпадении одного нуклеотида из гена. Белок, считываемый с такого испорченного гена, может привести к серьезным генетическим заболеваниям организма. Такая ошибка в информационной матрице ДНК будет повторяться всякий раз при синтезе конкретного белка, подобно тому, как ошибка на типографской матрице – шаблоне, с которого печатается книга или газета, будет повторяться во всех экземплярах данного тиража.

Являясь матрицей для синтеза всех белков, сама молекула ДНК, однако, в процессе синтеза не участвует. Она является лишь носителем генетической информации.

При синтезе белка, информация о его структуре сначала доставляется из ДНК к молекуле рибосомы – своеобразной фабрике по производству белков. Этот перенос информации осуществляется с помощью молекулы так называемой информационной РНК (рибонуклеиновая кислота), которая является точной копией

– зеркальным отражением структуры одного участка ДНК. И-РНК – это одноцепочная спираль, комплементарная одной нити молекулы ДНК

13

Процесс копирования генетической информации из ДНК в РНК называют транскрипцией (лат. "transcriptio" - переписывание). В процессе переписывания специальный фермент – полимераза, двигаясь вдоль ДНК последовательно считывает из нее нуклеотиды и по принципу комплементарности образует цепочку и-РНК, как бы снимая с ДНК "чертеж" того или иного гена. С каждого гена можно снять любое число копий РНК.

Таким образом, можно сказать, что в процессе синтеза белка и-РНК выполняет роль перфокарты, на которую записана "программа" для построения конкретного белка. (Перфокарта – это кусок или лента из твердой бумаги с дырочками для светового луча, пробитыми в определенных местах. В XIX веке перфокарты применялись в текстильном производстве – с их помощью ткацкий станок "программировали" на получение того или иного рисунка, а в середине XX века на перфокартах и перфолентах записывались программы для первых ЭВМ).

Итак, молекула и-РНК с записанной на нее программой направляется к рибосоме - месту, где происходит синтез белка. Туда же направляется поток материала, из которого строится белок - аминокислоты. Аминокислоты попадают в рибосому не самостоятельно, а с помощью подвижных транспортных РНК (т-РНК). Эти молекулы обладают способностью различать среди всего многообразия аминокислот только "свою" аминокислоту, присоединять её к себе и подтаскивать к рибосоме.

Процесс синтеза белка на рибосомах называется трансляцией (от лат. "translatio" – "передача").

14

По мере сборки белковой молекулы рибосома ползет по и-РНК и синтезирует белок, запрограммированный на данной и-РНК. Чем дальше продвинулась рибосома по и-РНК, тем больший отрезок белковой молекулы "собран". На ленте и-РНК, как на конвейере, одновременно идет сборка одного и того же белка несколькими рибосомами (см. рисунок). Когда рибосома достигает конца и-РНК, синтез окончен.

Теперь остановимся подробнее на механизме работы рибосомы. Обратимся к рисунку. Рибосома движется по и-РНК не плавно, а прерывисто, "шажками", триплет за триплетом. На каждом шаге к месту контакта рибосомы с и-РНК "подплывает" какая-нибудь молекула т-РНК с прицепленной к ней аминокислотой.

Как уже было сказано, каждая т-РНК способна различать только "свою" аминокислоту и присоединять её к себе для транспортировки к месту построения белка. Это происходит

благодаря содержащемуся в ней триплету, комплементарного (подходящего) конкретной аминокислоте.

В том случае, если кодовый триплет т-РНК окажется комплементарным к триплету и-РНК (находящемуся в данный момент в рибосоме), то аминокислота, доставленная т-РНК, отделится от т-РНК и присоединится к строящейся цепочке белковой молекулы (к белковой цепочке добавится еще одна "бусинка").

Свободная т-РНК затем выбрасывается из рибосомы в окружающую среду. Здесь она захватывает новую молекулу аминокислоты и несет ее в любую из работающих рибосом. А наша рибосома делает следующий "шаг" вперед по и-РНК на один триплет, Так постепенно, триплет за триплетом, движется по и-РНК рибосома и растет звено за звеном полипептидная цепь.

Пройдя по всей длине и-РНК рибосома с образовавшимся белком "сходит" с неё. Затем белковая молекула направляется к тому участок клетки, где требуется данный вид белка, а рибосома направляется к любой другой и-РНК (так как рибосома способна синтезировать любой белок; характер белка зависит исключительно от матрицы и-РНК).

Итак, рибосомы доказали, что наномашины, построенные из белка и РНК, могут быть запрограммированны на построение сложных молекул, то есть по сути являются природной реализацией работы наномашин по производству определенных, наперед заданных молекулярных структур.

Генные инженеры сегодня пытаются построить первые экспериментальные искусственные наномашины, используя биологический природный материал: аминокислоты, ферменты, природные белки, молекулы ДНК и др.

Однако биоподобные наномашины (и все, что они могут создать) - это органика, а значит, их возможности ограничены. Они теряют стабильность или разрушаются при повышенных температурах и давлениях (сворачивание белка), подвержены радиации, не могут обрабатывать твердый материал, действовать в химически агрессивных средах и т.п.

15