Сам премьер относительно роли Совета министров в решении вопросов обороны в речи 13 июня 1908 г. сказал, что цель объединенного правительства согласовать задачи оборонных ведомств с задачами других министерств и планом финансовой политики. Но даже такие скромные обязанности Совета министров ставились под сомнение. Во-первых, главы оборонных ведомств редко посещали заседания правительства. Во-вторых, офицеры, выступая в представительных учреждениях, открыто критиковали сокращение смет, которое производилось финансовым и контрольным ведомствами и было поддержано правительством [33, с. 291].
Вскоре после начала реализации судостроительной программы выяснилось, что казенные заводы не обеспечивают в короткие сроки производство корпусов кораблей и артиллерийских башен. Для регулирования расходов и распределения заказов 10 декабря 1908 г. было учреждено Совещание по судостроению [38, с. 197]. Совет министров обсуждал вопрос создания этого Совещания 2 декабря 1908 г.
Положение о Совещании по судостроению предусматривало, что оно будет рассматривать исключительно хозяйственные и финансовые вопросы. Совещание включало трех членов от морского ведомства (один из которых должен был быть начальник МГШ), по одному представителю от председателя Совета министров, Государственного контроля, Министерств финансов, торговли и промышленности, а председателем был указан товарищ морского министра. Члены Совещания и их заместители назначались премьер-министром и руководителями соответствующих ведомств. Статья 7 положения давала беспрецедентные полномочия представителям гражданских ведомств. Если хотя бы один из них был не согласен с мнением большинства Совещания, то решение этого вопроса переходило на обсуждение морского министра и главы гражданского ведомства, представитель которого высказал возражения. Если и они не смогли договориться, то точку в споре ставил Совет министров. Финансировать Совещание планировалось за счет кредита на судостроение по согласованию руководителя морского ведомства с министром финансов и государственным контролером [27, с. 503-504].
На заседании правительства морской министр И.М. Диков выступил категорически против учреждения Совещания по судостроению. Он считал, что оно будет ограничивать власть морского министра в судостроении, за которое он и его подчиненные несли ответственность. Обратим внимание, что практически в том же обвинялся СГО, который к этому времени с подачи Думы был ослаблен, а вскоре ликвидирован. Кроме того, руководитель морского ведомства предполагал, что создание Совещания приведет к изменению множества законов, а следовательно, законопроект необходимо проводить через законодательные учреждения [27, с. 501]. Отрицательное отношение И.М. Дикова к Думе хорошо было известно, и такое заявление могло иметь несколько причин. Во-первых, нижняя палата могла выступить против данной идеи или как минимум притормозить её реализацию. Во-вторых, приблизительно в это же время уже проявились проблемы с принятием в представительных учреждениях законопроекта о штатах МГШ. Большинство Совета не поддержало доводы Дикова и проголосовало за создание Совещания, после чего проект был направлен на высочайшее утверждение императора. В начале деятельности Совещания по судостроению, как и следовало ожидать, руководители Морского министерства направляли на его рассмотрение второстепенные вопросы. В 1911 г. по требованию П.А. Столыпина Совещание стало рассматривать все дела о распределении заказов, установлении цен, сроков и т.п. [19, с. 361].
Следовательно, создание Совещания значительно увеличило полномочия Совета министров и его председателя на реформу военно-морских сил, но при этом данное влияние по-прежнему ограничивалось финансовой сферой. Отсутствие определенности в полномочиях исполнительной и законодательной властей устраивала многих, в том числе и премьера, но министерский кризис 1909 г. внес свои коррективы.
24 апреля 1906 г. по рескрипту Николая II был создан Морской генеральный штаб. Большая часть общественности считала это положительным явлением, а сам штаб начали называть «мозгом флота». В МГШ входило всего пятнадцать морских офицеров. Финансировался штаб за счет специального фонда правительства, чтобы направить эти расходы по линии Морского министерства был разработан и внесён на рассмотрение в Думу законопроект об установлении штатов Морского генерального штаба. С одной стороны, по закону Дума должна была с самого начала ассигновать средства на создание нового учреждения. С другой стороны, рассмотрение нижней палатой штатов вызывало много вопросов. Основные законы определяли, что в компетенции императора назначать и снимать с должностей, т.е. непосредственно регулировать штат, но в то же время эти штаты предполагали новые расходы, а это входило в компетенцию Думы. Вопрос о штатах МГШ был настолько незначительным, что в КГО его рассматривали совместно с другими мелкими законопроектами. В начале 1908 г. в КГО даже не было дискуссий. Единственный серьёзный вопрос по этому законопроекту был задан на заседании 16 января 1908 г. бывшим морским офицером, членом КГО С.В. Лукашевичем. Его интересовали причины первоначально принятого финансирования штаба, и действительно ли это было введено распоряжением Николая II. Контр-адмирал И.Ф. Бострем отрицал причастность императора, но А.И. Гучков прочел справку из доклада, где отмечалось, что было соответствующее указание царя. После этого вопрос был снят. Далее депутаты и представители ведомства рассматривали только соотношения выделяемых сумм [32, л. 62-63]. Комиссия не встретила никаких препятствий для принятия законопроекта [32, л. 35об]. Таким образом, депутаты не предполагали, что на дальнейших ступенях законодательного процесса возникнут препятствия по принятию законопроекта. Совет министров также не подозревал, что начнется большая общественная дискуссия. В данном вопросе первоначальная позиция правительства с мнением депутатов практически не различалась.
24 мая 1908 г. Общее собрание Думы согласилось с мнением военной комиссии и одобрило проект. Далее он был направлен на утверждение Государственного совета, но уже финансовая комиссия Госсовета отклонила законопроект, обосновывая это решение тем, что Дума вторгается в область прерогатив императора (примечательно, что данный аргумент использовал сам председатель Совета министров во время речи в Госсовете 13 июня 1908 г.). Поддержка проекта правительством не помогла, большинство Государственного совета решило его отклонить. По настоянию П.А. Столыпина морской министр И.М. Диков повторно внес проект в Думу. Со стороны ведомства была попытка убедить депутатов ассигновать только создание штаба и не утверждать штат, но народные избранники отказались это сделать. Н.В. Савич вновь был избран докладчиком. Он специально исследовал вопрос о возможном нарушении ст. 96 ОГЗ. В результате Савич пришел к выводу, что КГО и Государственная дума не нарушили закон и были обязаны принять законопроект о штатах МГШ, т.к. это учреждение является центральным управлением Морского министерства. Он отметил, что в этом вопросе на заседании Госсовета представитель правительства поддержал Думу. В итоге законопроект повторно был одобрен Думой 19 декабря 1908 г. Под давлением Столыпина 19 марта 1909 г. его утвердил Государственный совет.
Пообщавшись с политическими деятелями, Столыпин пришел к выводу, что Николай II скорее всего откажется утвердить законопроект о штатах МГШ. 22 марта 1909 г. премьер отправил письмо императору, где объяснил сложную ситуацию, в которой они находились. П.А. Столыпин указал, что он должен будет подать в отставку, если царь откажется подписать законопроект [34, с. 54-55]. Неожиданно для председателя Совета министров Николай II отказался подписать проект и принять отставку премьера. Кроме того, император поручил Совету министров выработать правила применения ст. 96 ОГЗ.
П.А. Столыпин, выполняя поручение царя, создал при Совете министров особое совещание под председательством товарища министра финансов С.Ф. Вебера. 26 мая 1909 г. правила были внесены на рассмотрение Совета министров. Военный министр В.А. Сухомлинов поддержал внесённые правила. По его мнению, утверждение всех законодательных актов - право царя, которому их вносят Военный совет и Адмиралтейств-совет. Если законопроект не предусматривал расходов или не превышал сметные расходы министерства, то его утверждение Думой и Госсоветом не требовалось. Данные доводы были поддержаны. Совет министров не считал, что таким образом нарушаются ОГЗ. Правительство подтвердило исключительные права императора на заключение международных договоров и объявления войны и мира (ст. 13 ОГЗ), а также в области военного и военно-морского суда на основании 14, 21, 96, 97 статей ОГЗ. На этом же заседании Совет министров подтвердил ранее принятое решение по вопросу о судьбе корпуса пограничной стражи и корпуса жандармов.
Военный министр поднял вопрос о территориях подконтрольных его ведомству и казачьих областей. Сухомлинов согласился, что управление неказачьим населением должно регулироваться общегражданским законодательством, но все, что связано с казаками, в том числе и их гражданское управление, он считал, необходимо оставить в ведении военного законодательства. Совет министров полагал, что все гражданское управление казачьих войск и подведомственных Военному министерству областей, если они не связаны с вооружёнными силами, должны рассматриваться в общем законодательном порядке, тем самым не поддержал В.А. Сухомлинова. В случае если возникнут сомнения по характеру законопроектов, то Совет министров предложил, чтобы правительство само давало соответствующие заключения по этим вопросам [39, с. 198-199]. Представители оборонных ведомств просили конкретизировать правила применения ст. 96 ОГЗ, но большинство министров отвергло эту просьбу, т.к. данные правила должен утвердить император. В итоге Совет министров принял правила применения ст. 96, которые детально описывали права императора и, таким образом, формально ограничивали права законодательных учреждений. Были сформулированы критерии для министерств, в соответствии с которыми они должны были отправлять законопроекты в Государственную думу и Государственный совет. Кроме того, в правилах не была прописана роль Совета министров, в них даже отсутствует принятое на заседании право правительства давать заключения по спорным законопроектам.
Правительственным кризисом воспользовались многие. 13 апреля 1909 г. военный министр В.А. Сухомлинов написал письмо председателю КГО А.И. Гучкову, где выразил недовольство докладом комиссии по законопроекту об отпуске средств на некоторые потребности Главного управления Генерального штаба. Министр ссылался на ст. 96 ОГЗ и просил заблаговременно высылать доклады в его канцелярию, чтобы Военное министерство могло в случае необходимости их редактировать [40, л. 31-32]. Это предложение было прямым посягательством на права законодательного учреждения. В Думе были недовольны принятием правил применения ст. 96. Депутаты предъявили запрос правительству, где высказывалось мнение, что данные правила выходят за пределы Основных законов. Уже 19 октября 1909 г. А.И. Гучков предлагал изучить эту проблему и договориться депутатам с правительством, но в 1910 г. октябристы негативно отнеслись к подобному обсуждению [47, стб. 2485]. Столыпин на Общем собрании 31 марта 1910 г. ответил на данное заявление. Главная задача правил, как указал Столыпин, разграничение военной и гражданской функций оборонных ведомств. Но в этой речи есть наиболее существенные тезисы. Если в 1907-1908 гг. П.А. Столыпин не высказывался категорически против экономического давления депутатов на морское ведомство для ускорения реформ, то в данной речи он отказывает им в этом праве [36, с. 293]. В то же время премьер призывает к совместной деятельности правительства и представительного учреждения «для поддержания одного исторического высшего права России - быть сильной» [36, с. 297]. Практически двойственная позиция Столыпина сохранилась, но на этот раз депутатам не давались гарантии, что правительство не будет конфликтовать с Думой по вопросам государственной обороны.
Кризис 1909 г. во многом ограничил поле деятельности председателя Совета министров. Столыпин уже в меньшей степени занимался делами обороны государства. В 1910 г. Морское министерство решило внести в Думу небольшую сумму на судостроение, примерно 4 млн. руб. Ведомство рассчитывало, что данную сумму Дума утвердит, но КГО отказала в кредите. Морское министерство попало в сложную ситуацию, т.к. Госсовет через год мог утвердить кредиты только в размере 4 млн. руб. Столыпин был вынужден вмешаться в эту ситуацию.
В 1910 г. премьер собрал ведущих членов военной и бюджетной комиссий Думы на встречу с руководителем морского ведомства, военным министром, министром финансов и государственным контролером. Цель этого собрания была в решении противоречий между Думой и Морским министерством. Столыпин пытался уговорить депутатов ассигновать кредиты на кораблестроение, убеждая народных избранников, что многие их требования уже выполнены. Депутаты отвечали премьеру, что представители министерства неоднократно пытались ввести в заблуждение и скрыть информацию от законодательных учреждений. Н.В. Савич вспоминал, что членам комиссии удалось получить признание товарища морского министра И.К. Григоровича, что ведомство имеет очень большую задолженность. Этот факт был неизвестен премьеру. Столыпин был шокирован, и на этом встреча завершилась [41, с. 44-45]. В статье «Флот и Государственная дума» от 1929 г. Н.В. Савич вспоминает еще об одном расхождении позиций Думы и морского ведомства. Весной 1910 г. Столыпин собрал депутатов и представителей Морского министерства. Думцы высказали опасение по поводу покупки Турцией дредноутов и возможной потери Россией преимущества на Черном море. Для решения этой проблемы депутаты требовали усиления Черноморского флота. Правительство и морское ведомство считали, что приобретение Турцией двух старых кораблей не угрожает российским интересам. Примирения Думы и Морского министерства не удалось достичь из-за категорического отказа ведомства строить суда для Черного моря и настойчивой позиции направить имеющиеся средства исключительно на развитие Балтийского флота [42, с. 193]. Летом 1910 г. Гучков отправился в командировку в Турцию, где выяснил, что турки заказали дредноут в Англии и ведут переговоры о закупке еще одного [43, л. 41]. Об этом он сообщил П.А. Столыпину. Правительство и Морское министерство изменили свою позицию. Было принято решение пойти навстречу депутатам и начать усиление Черноморского флота. В конце 1910 г. между думцами и правительством все же был заключен договор. Народные избранники предложили, чтобы на судостроение были выделены условные кредиты, а не по смете ведомства. Таким образом члены комиссии пытались обезопасить свободу решений Думы от ст. 13 сметных правил. После этого в последующие годы для нового ассигнования требовалось разрешение Думы, и Госсовет не мог выделить кредиты на судостроение, как это было в 1908 и 1909 гг.
Уступки обеих сторон основывались на вопросе о безопасности черноморских берегов, также депутатам удалось добиться от правительства нужных решений в области народного образования. Вскоре морской министр С.А. Воеводский подал в отставку, а на его место был назначен И.К. Григорович. После этой перемены в морском ведомстве Дума согласилась на строительство линкоров для Балтийского флота, усиление Черноморского флота и на выделение средств для погашения долгов морского ведомства [43, с. 47]. Кроме того, согласительная комиссия Думы и Госсовета решила частично вернуть сокращенные расходы по смете Морского министерства за 1910 г.
В зависимости от рассматриваемого вопроса для Столыпина Дума была союзником, соперником и инструментом. Представительное учреждение в соответствии с законом имело дело с законопроектами, которые предварительно были рассмотрены Советом министров, но думцы также выдвигали предложения по развитию вооружённых сил. Красноречивым примером служит процесс принятие судостроительной программы. Также 5 апреля 1908 г. КГО признала необходимым, чтобы Устав о воинской повинности был пересмотрен в соответствии с современными условиями [44, л. 93-99], что Военное министерство смогло реализовать только в январе 1911 г. В то же время изменения Устава не являлись достижением председателя Совета министров, они стали возможны исключительно благодаря взаимодействию думцев и военного ведомства. Более того, Дума восстанавливала сокращенные кредиты и инициировала законопроекты, которые приводили к увеличению затрат казны. В этом смысле П.А. Столыпин был прав, когда считал, что III Дума была самостоятельным и договороспособным элементом политической системы, с которым нужно было выстраивать диалог. Депутаты полагали, что премьер-министр способен привнести рациональное зерно в реформу вооружённых сил и способствовали вовлечению его в решение вопросов обороны. С ослаблением СГО Столыпин сделал попытку увеличить свое влияние на преобразования в военной сфере, но министерский кризис 1909 г. свел на нет все начинания премьера и депутатов. Совет министров остался финансовым фильтром и посредником между оборонными ведомствами и представительными учреждениями.
После сложной, но успешной нормализации отношении морского ведомства и Думы в 1910 г., П.А. Столыпин снова сделал попытку увеличить финансовый контроль над оборонными ведомствами. Премьер требовал от военного министра не вести «особую» от правительства политику. Столыпин поставил условие, что если главы оборонных ведомств не войдут в Совет министров, то правительство откажется их поддерживать в Думе. Николая II не устроило вмешательство премьер-министра. Император сказал: «Совет министров не желает разрешать мне распоряжаться свободными деньгами для обороны» [26, с. 100]. После этого Столыпин уже не мог оказывать влияния на реформы в армии и флоте даже в рамках своих полномочий. Постепенно председатель правительства отстранялся от решений проблем вооружённых сил. Так, 6 июня 1911 г. он председательствовал в Совете министров при рассмотрении проекта положения о внешкольной подготовке русской молодежи к военной службе [45, л. 160-162], но после этого отправился в отпуск, хотя в этот же день на повестке стояли важные вопросы для обороны государства: 1) обсуждение письма морского министра Столыпину от 23 мая 1911 г. о включении в проекты финансовых смет Морского министерства условных кредитов (премьер сам инициировал обсуждение письма в Совете министров) [48, с. 252]; 2) по представлению министров военного и финансов от 29 мая 1911 г. об отпуске средств из казны для оказания помощи пострадавшему от землетрясения населению Семиреченской области; 3) по представлению морского министра от 25 мая 1911 г. о постройке судов для Черного моря [45, л. 163-164, 167-170].