Император был ярым сторонником скорейшего восстановления флота, а председатель СГО поддерживал сухопутные войска. «Яблоком раздора» стало финансирование. Учитывая то, что бюджет 1908 г. был с дефицитом в 205 млн. руб. министр финансов отстаивал идею экономии. Однако он был вынужден отчасти смириться с желаниями царя, но открыто выступил против внезапной просьбы военного министра о кредите в 207 млн. руб. (Военный министр сформулировал эту просьбу по настоянию председателя СГО вел. кн. Николая Николаевича). В этом вопросе Николай II поддержал Коковцова. Столыпин в данном споре открыто не занял чью-либо сторону.
1 февраля 1908 г. Совет министров провел заседание по поводу рассмотрения в законодательных учреждениях сметных на 1908 г. ассигнований по военному и морскому ведомствам. На этом заседании кроме министров и главы правительства присутствовал вел. кн. Николай Николаевич. Для Столыпина было важно, чтобы Совет министров выработал общий подход к проблеме с учетом того, что Дума негативно высказывалась о смете морского ведомства и судостроении. Представители Военного и Морского министерств отстаивали свои интересы, но Коковцов явно дал понять, что запросы оборонных ведомств неосуществимы и провести их через законодательные учреждения будет очень трудно. Министр финансов даже заявил, что «в ближайшие годы России следовало бы ограничиться одною береговою обороною, для чего свободного линейного флота, казалось бы, не требуется» [27, с. 49]. Как и следовало ожидать, Николай Николаевич поддержал Военное министерство, но выдвинул предложение, чтобы перед окончательным решением по выделению средств был разработан план общих мероприятий оборонных ведомств, причем на первое место выдвинуть неотложные задачи обоих министерств. Совет министров принял решение: 1) судостроительная программа должна быть внесена в законодательные учреждения после рассмотрения в СГО плана общих потребностей Военного и Морского министерств; 2) Морской генеральный штаб (далее - МГШ) должен разработать судостроительную программу линейного флота, который мог бы отстаивать интересы империи там, где будет необходимо; 3) должны быть разработаны планы обороны побережья, руководствуясь которыми разрабатывался бы постепенный и последовательный план создания морских сил для береговой обороны. Следует отметить, что 2 марта 1908 г. Николай II написал на журнале Совета министров от 1 февраля: «Общий план обороны государства должен быть выработан - короткий и ясный - на одно или два десятилетия». Так, император поддержал одно из предложений председателя СГО.
Позиция правительства в основном формировалась на доводах Министерства финансов. Кроме того, Совет министров, поддержав заявления Николая Николаевича по поводу необходимости усиления армии, снова напомнил, что было бы желательно приглашать на заседания СГО министра финансов и государственного контролера. Правительство в 1908 г. по многим вопросам открыто соглашалось с мнением СГО.
27 мая 1908 г. в Общем собрании Думы выступил с докладом по смете Военного министерства А.И. Гучков. В этом историческом выступлении председатель военной комиссии нижней палаты высказался по поводу недостатков в управлении армии. Кроме описания необходимых преобразований были названы конкретные причины замедления реформирования. Одна из этих причин, по мнению А.И. Гучкова, - СГО [28, с. 68]. Цели Совета полностью соотносились с представлениями членов думской комиссии по государственной обороне (далее - КГО) о военной реформе, но, по убеждению депутатов, СГО со своими задачами не справлялся, и более того, усугублял положение. Деятельность председателя СГО и начальника Генерального штаба приводили к децентрализации власти в министерстве. После речи Гучкова вел. кн. Николай Николаевич подал в отставку с поста председателя СГО [29, с. 111], но Николай II удовлетворил его просьбу только в июле 1908 г. После этого Совет собирался исключительно для обсуждения конкретных вопросов и в основном в нем председательствовал И.М. Диков [30, с. 264]. В августе 1909 г. СГО был окончательно упразднен. Члены Думы выразили удовлетворение от его ликвидации [29, с. 141]. Взамен они предполагали создать орган, во главе которого был бы председатель правительства.
После созыва III Думы П.А. Столыпин в соответствии с законом был вынужден участвовать в прохождении через представительные учреждения законопроектов оборонных ведомств. 9 февраля 1908 г. Столыпин, В.Н. Коковцов и министр иностранных дел А.П. Извольский отправились в КГО для обсуждения бюджета Морского министерства. Председатель Совета министров потребовал, чтобы заседание комиссии проходило при закрытых дверях. Столыпин хотел обсудить с депутатами позицию правительства по обсуждаемому вопросу, не пригласив при этом даже морского министра. Премьер заранее отметил, что все вопросы по государственной обороне решает исключительно император, однако, он упомянул о финансовых трудностях страны. Далее Столыпин заявил депутатам, что правительство не хочет с ними конфликтовать из-за вопросов государственной обороны [8, с. 302].
3 марта 1908 г. на соединенном заседании КГО и бюджетной подкомиссии уже присутствовал морской министр И.М. Диков. Он утверждал, что комиссия, требуя реформ министерства и плана судостроения на длительный период, «стучится в открытую дверь», т.к. все это уже реализуется [31, л. 362]. Петербургский историк К.Б. Назаренко в своей монографии, посвященной деятельности Морского министерства, проанализировал подготовку реформ и пришел к выводу, что все реформы были «намечены», а морскому министру оставалось только сказать эти слова [32, с. 117-118]. В действительности было несколько планов реорганизации ведомства. Было создано множество комиссий и совещаний по обсуждению реформ, но реальные преобразования не начинались. 7 марта 1908 г. П.А. Столыпин писал Николаю II: «Против кредита восстают одинаково и правые, и левые. Поэтому какое-либо давление со стороны верховной власти послужило бы только к ущербу её авторитета. Но к счастью большинство удалось, кажется, привести к тому убеждению, что линейный флот России необходим; отказывает в кредите это большинство по той причине, что думает этим отказом способствовать ускорению реформ. Этим настроением я воспользовался, чтобы сделать заявление о том, что Ваше Величество являетесь инициатором реформы флота, так что противники кредита ломятся в открытую дверь. <…> Я разумею введение теперь же в строе морского ведомства несколько коренных реформ. <…> Чем больше их будут обсуждать в разных комиссиях, тем более затянется дело» [33, с. 45-46].
Премьер-министр считал, что единственным способом вывести это дело из «заколдованного круга» было вмешательство императора, о чем 14 марта 1908 г. он просил Николая II. Столыпин предлагал царю прекратить затянувшиеся обсуждения реформ Морского министерства, провести одно заседание под руководством царя и внести необходимые поправки, после чего немедленно приступить к реформам, которые позволят провести кредиты через законодательные учреждения [33, с. 47-48]. Таким образом, П.А. Столыпин, убеждая депутатов, что реформы уже проходят, в это время только начал их инициировать. Он разделял мнение членов комиссии, что планируемых морским ведомством мероприятий недостаточно. В то же время премьер-министр в письмах к царю повторял: «Находясь далеко от этого дела» [33, с. 46], «Не имея отношения к вопросам военным и морским и не будучи в них компетентным» [33, с. 48]. Тем самым весной 1908 г. глава правительства отказывался от какой-либо ответственности и участия в восстановлении флота. Столыпин стремился показать императору, что он является защитником его позиции по данному вопросу и может лишь предложить варианты решения проблем, которые возникли в Думе с принятием судостроительной программы.
Депутаты на заседании комиссии выдвигали множество претензий к морскому ведомству и правительству. Одно из них было отсутствие единого плана обороны. Со своей стороны Столыпин 7 марта 1908 г. просил министра юстиции И.Г. Щегловитова подготовить мероприятия в его ведомстве для выработки общего плана государственной обороны [34, л. 1]. Достаточно красноречивый шаг, учитывая, что Николай II просил об этом же еще 2 марта.
Доводы морского министра И.М. Дикова и председателя Совета министров П.А. Столыпина, что требования думской комиссии не имеют под собой оснований и многое уже реализовано, не переубедили депутатов. 5 марта 1908 г. КГО продолжила обсуждение этого вопроса. Специальная подкомиссия во главе с А.И. Звегинцовым пришла к выводу, что строительство тяжелого броненосного флота возможно, если будут приняты два условия: 1) необходимо разработать проект коренной реорганизации морского ведомства; 2) проект судостроительной программы нужно планировать с учетом большого промежутка времени. А пока эти требования не выполнены подкомиссия рекомендовала не выделять кредитов на постройку новых судов. На этом заседании прошло голосование за решение подкомиссии: 19 депутатов проголосовали за, 14 против и один воздержался [35, л. 73]. Если не учитывать голоса членов 4-й бюджетной подкомиссии, то результат голосования КГО был не так категоричен - за 16, против 14. Некоторые депутаты, проголосовавшие за решение подкомиссии, выдвигали свои требования. По мнению Н.В. Савича, для строительства линкоров у России было недостаточно технических сил. «Сначала нужно произвести опыт, а потом можно дать денег и не на 4 судна, а может быть на целую эскадру», - сказал Савич на заседании комиссии [31, л. 334]. Н.Е. Марков 2-й отказывался голосовать за кредиты до тех пор, пока не будут арестованы виновные в поражении в русско-японской войне. Встает вопрос, сделал ли Столыпин все возможное, чтобы думская военная комиссия поддержала программу судостроения?
На заседании КГО 3 марта 1908 г. председатель Совета министров практически повторял свои тезисы, высказанные 9 февраля [31, л. 317]. Столыпин поддерживал И.М. Дикова и убеждал народных избранников, что морское ведомство стоит накануне своего преобразования, а «скромная судостроительная программа» направлена лишь к тому, чтобы: 1) не лишить флот жизнеспособности; 2) дать возможность выполнить задачу по обороне берегов; 3) сохранить ядро флота для развития в будущем. Премьер напомнил депутатам о мировом престиже России. Он высказал также важную мысль, что в случае простоя судостроительная отрасль может потерять специалистов, а значит, Россия может отстать в развитии военно-морского флота от других стран на многие годы [35, л. 71об].
Следует отметить некоторую противоречивость в позиции премьер-министра. Изначально Столыпин утверждал, что он не является назначенным «защитником» военно-морских сил, а депутаты «не враги флота». Далее он заявил, что отрицательное решение комиссии «для правительства, которое надрывается, которому повелено сделать план обороны государства, будет равносильно изъятию одного из краеугольных, одного из важных камней». После этого премьер повторил свой прошлый тезис: «Я хотел бы, чтобы вы меня хорошо поняли, что в этом деле нет конфликта с правительством, что у вас, господа, полная свобода решать вопрос так, как подсказывает вам совесть» [35, л. 72-72об]. Таким образом, П.А. Столыпин пытался лавировать между Думой и императором. Убеждая народных избранников, что реформы уже начались, председатель Совета министров пытался в это же время повлиять на царя, чтобы тот все-таки начал реальные преобразования. Большинство членов КГО знало, что Морское министерство не проводило коренных реформ, а то, что было реализовано, не встречало у них сочувствия [31, л. 76]. Ход голосования КГО по этому вопросу показал, что равновесие сил было далеко неоднозначно, но нет никаких данных о попытке правительства удовлетворить требования отдельных депутатов и тем самым изменить решение Думы.
Правительство и депутаты, обсуждая этот вопрос, искали подходы друг к другу. Большинство народных избранников стремилось реализовать свои политические задачи, а именно усилить влияние нижней палаты в решении военных вопросов, которые привлекали внимание общественности. Нельзя отрицать и то, что позиция думцев во многом совпадала с интересами государственной обороны и несущественно отличалась от воззрений экономического блока Совета министров.
Столыпин явно не стремился переломить ситуацию и в Общем собрании Думы. В своей речи 24 мая 1908 г. он как всегда великолепно использовал ораторское искусство, но основные доводы были те же что и в КГО. Премьер обращался к отдельным депутатам, которые в меньшей степени зависели от фракционной дисциплины [36, с. 166]. Несмотря на решение КГО Столыпин использовал в речи признание депутатов, что «России нужен флот дееспособный» [36, с. 167]. Но все оказалось напрасно, большинство Думы поддержало решение комиссии. Волю императора пришлось исполнять в Государственном совете.
В обществе практически не было сомнений, что Государственный совет примет решение выделить кредиты на судостроение. 12 июня 1908 г. Д.Н. Шипов писал жене: «Государственный совет при рассмотрении морской сметы, очевидно восстановит вычеркнутую Думой ассигновку» [29, с. 107]. В своей речи в верхней палате 13 июня 1908 г. Столыпин сделал основную ставку на статус великой державы, который Россия без линейного флота могла бы потерять. Чтобы убедить Госсовет, премьер упомянул, что на скорейшем решении этого вопроса настаивает сам император [36, с. 192]. Кроме того, председатель Совета министров заявил, что законодательные учреждения, отклоняя запросы морского ведомства на кредиты для судостроения, принимают на себя меры исполнительной власти, которые зависят от императора [36, с. 191]. Практически это было указание на нарушение ОГЗ. В итоге Госсовет решил восстановить кредиты, которые отклонила нижняя палата. 14 июня 1908 г. Столыпин отправил Николаю II письмо, где было сказано: «Счел долгом указать на недопустимость вмешательства Государственной думы и Совета в действия власти исполнительной» [37, с. 401].