По мнению императрицы, действия против торгового судоходства могли послужить некоторым европейским державам поводом для отправки своих эскадр в Восточное Средиземноморье, что создало бы серьезные затруднения российскому флоту. Для исключения политических осложнений, прежде всего с Францией, при обнаружении военной контрабанды на судах нейтральных стран требовалось воздерживаться от конфискации и направлять такие суда в порты не воевавших государств. Предметы, в которых российский флот будет испытывать потребность, разрешалось покупать по установленным ценам.
Ограничение действий против судоходства в водах Османской империи снижали эффективность использования сил отечественного флота. Однако они диктовались политической ситуацией. По словам Екатерины II, из двух зол приходилось выбирать меньшее. Орлову разрешалось корректировать инструкции арматорам в соответствии с особенностями местных законов, нравов и обычаев. Рекомендовалось учредить адмиралтейский суд для рассмотрения вопросов, связанных с призовым правом. Императрица предоставляла Орлову и Спиридову полномочия в дальнейшем самим подписывать и выдавать патенты арматорам из местных моряков. К 1771 г. в Архипелаге действовали около 50 греческих судов под российским флагом, которые наносили существенный ущерб торговому судоходству неприятеля.
Орлов понимал соблазн капитанов, которые могли встретить в море судно с богатым грузом и, воспользовавшись отсутствием свидетелей, напасть на него, считая неприятелем. Для исключения подобных ситуаций планировалось формирование отрядов арматоров, в которых должен был поддерживаться принцип единоначалия, строгая организация и дисциплина. Предполагалось вручать арматорам соответствующие наставления и инструкции. По мнению Орлова, это позволяло избежать анархии в действиях на коммуникациях в Архипелаге и поддерживать авторитет России как правового государства.
13 января 1770 г. Екатерина II писала Спиридову, находившемуся в Порт-Магоне, о своем удовлетворении по поводу завершения длительного перехода эскадры в Средиземное море. Далее в письме она обращала особое внимание на необходимость соблюдения уважения к торговому судоходству нейтральных стран при действиях в Архипелаге. Это должно было исключить негативные действия по отношению к России со стороны враждебно настроенных к ней государств.
12 марта 1770 г. российский пакетбот “Летучий” и греческий фрегат “Святой Николай” привели к эскадре Спиридова турецкое купеческое судно. Это был первый приз, взятый на коммуникациях в Архипелаге.
Несмотря на все принятые меры, деятельность по нарушению судоходства противника являлась поводом для недовольства правительства Франции. Вскоре Орлову была направлена копия ответа Коллегии иностранных дел на ноту поверенного в делах Франции в России по поводу задержания судна капитана Жордана. При этом российским морякам предписывалось в случае подтверждения претензий французской стороны немедленно удовлетворить все требования судовладельца. 19 мая 1770 г. Екатерина II в очередной раз напомнила Спиридову о соблюдении крайней осторожности в отношении торговых судов нейтральных государств. Рекомендовалось воздержаться от задержания и осмотра их в открытом море. Действия российских кораблей и греческих арматоров ограничивались только районом морской блокады турецких портов. В тот же день Панин в своей переписке с Орловым выразил согласие на привлечение греческих капитанов к службе под российским флагом в качестве арматоров. Однако, глава Коллегии иностранных дел обращался с просьбой организовать их деятельность таким образом, чтобы греческие моряки стремились не только к собственному обогащению, но и учитывали политические интересы России.
Все эти указания были не беспочвенными. Морской войной в Архипелаге воспользовались пираты, которые и до прихода российского флота вызывали серьезную озабоченность местных властей и судовладельцев. Морские разбойники, прикрываясь российским флагом, не только захватывали торговые суда, но и грабили население островов под видом контрибуции. Эти действия дискредитировали Россию, усложняя отношения с греками и нейтральными державами. Орлов вынужден был издать специальный манифест, в котором просил представителей власти проверять документы на всех судах, плававших под российским флагом. Их капитаны должны были предъявлять соответствующие патенты с росписью и печатью А. Г. Орлова. При отсутствии документов нарушителей предлагалось предавать суду как убийц и злодеев по всей строгости местных законов.
Летом 1770 г. в секретной депеше Панин информировал Орлова о намерении Франции направить эскадру для защиты своего торгового судоходства в водах Восточного Средиземноморья. В качестве ответной меры Великобритания заявила о готовности английских кораблей к действиям в том же районе с целью охраны правил нейтралитета. Начальник английской эскадры получил полномочия на использование оружия против любой третьей державы, которая вмешается в действия воевавших сторон.
С января по июнь 1771 г. в ходе крейсерства по Архипелагу в качестве призов было захвачено около 40 судов. Орлов продолжал сообщать Панину о непрекращавшихся провокациях представителей Франции. В середине мая 1771 г. в письме из Пизы упоминался официальный протест консула в Ливорно, который возмущался продажей товаров с арестованных французских судов, плававших под турецким флагом27. В очередной корреспонденции от 24 мая 1772 г. Орлов вновь упоминал о претензиях со стороны французских дипломатов, которые продолжали политические спекуляции по поводу захвата российскими кораблями торговых судов в Архипелаге. Он просил Панина обнародовать копию его манифеста, чтобы показать всей Европе стремление российских моряков следовать законам цивилизованных народов при захвате призов на коммуникациях противника. Коллегии иностранных дел России рекомендовалось передать соответствующую информацию своим представителям при европейских Дворах.
Летом 1772 г. в ходе мирных переговоров между Спиридовым и Мустафой-беем на острове Парос обсуждался вопрос о судоходстве в Архипелаге. В исследованиях советских историков отмечалось, что в отличии от первоначального варианта запрещения прохода через Дарданеллы судам даже нейтральных держав Спиридов ограничился принятием мер только в отношении судов Турции и ее вассалов. Однако изучение текста соглашения о перемирии, подписанного 2(14) июля 1772 г. в Аузе, позволяет утверждать, что требования российской стороны оказались более лояльными. Согласно артикулу (пункту) 5, туркам разрешалось использовать большие и малые суда для доставки продовольствия гарнизонам крепостей и жителям турецких поселений “на островах, в Дарданеллах, у берегов и в прочих при Архипелагском море владениях Порты Оттоманской”. Во время перемирия разрешалась беспрепятственная перевозка товаров на безоружных судах у островов и побережья Эгейского моря грекам и подданным Порты Оттоманской. При этом капитаны судов обязаны были иметь паспорта с указанием порта назначения и характера перевозимого груза.
Ситуация, сложившаяся в Архипелаге, сводила на нет все усилия российского флота в Средиземном море. 24 августа 1772 г. Орлов писал Панину о выполнении требований из Санкт-Петербурга и освобождении всех ранее задержанных судов нейтральных стран, нарушавших правила перевозки грузов. При этом командование отечественным флотом в Архипелаге вынуждено было сослаться на условия перемирия. Вместе с тем, Орлов сообщал о том, что его действия основывались на существовавшем к тому времени международном морском праве, позволявшем препятствовать доставке продовольствия противнику. Это должно быть хорошо известно главе Коллегии иностранных дел. Однако, российские моряки вынуждены были уступать политическим обстоятельствам. По мнению Орлова, предписанные российским правительством правила изменили весь характер деятельности отечественного флота в Архипелаге.
Неудавшееся восстание в Морее выдвинуло на первый план задачу по нарушению коммуникаций противника. Из-за недостатка десантных войск это было единственной возможностью оказывать эффективное воздействие на турок. Количество захваченных судов не могло в полной мере показать результативность действий российских моряков, так как значительное число судов было возвращено обратно и не дошло до турецких берегов. Срыв доставки продовольствия в Константинополь через Дарданеллы послужил одной из основных причин волнений и беспорядков среди жителей турецкой столицы. Одно это, по мнению Орлова, оправдывало присутствие отечественного флота в Архипелаге. “Ныне же, когда плавание в сих водах всем разрешилось, да и турки, пользуясь перемирием надолго запасти себя не упустят, то сим самым показанные причины для коих флот здесь находится - исчезают. И вдруг вижу себя, если позволено сказать, как будто на мели, не зная, куда и зачем с кораблями выйду…”.
Введение системы бесконтрольного судоходства нейтральных стран исключало необходимость пребывания российских эскадр в Архипелаге. Орлов просил направить ему перечень предметов, считавшихся согласно международным законам, военной контрабандой. Английские купцы доставляли туркам даже дробь и свинец, не считая это нарушением. Орлов с горькой иронией писал Панину о том, что, по его мнению, свинец настолько отличается от пуль, на сколько рожь отличается от муки.
19 сентября 1772 г. командованию российским флотом в Архипелаге стало известно о прекращении действия условий перемирия. Моряки возобновили поиск судов противника. 6 октября к берегам Египта направился небольшой отряд кораблей лейтенанта П. А. Алексиано. Его успешные действия были прекращены в середине ноября 1772 г. после получения информации об очередном перемирии и возобновлении переговоров в Бухаресте. Тем временем французские дипломаты продолжали настойчиво искать повод к протесту против действий российского флота в Средиземном море. 12 декабря 1772 г. Панин в очередном письме Орлову упоминал о жалобе французского Двора на задержание двух купеческих судов.
В сложившейся ситуации Орлов открыто заявлял императрице о потере всякого смысла содержания многочисленных эскадр вдали от родных берегов. Результаты их действий не окупали огромных затрат на содержание этих сил. Екатерина II, чтобы успокоить Орлова, в рескрипте от 18 декабря 1772 г. разъясняла ему важность для России дальнейшего пребывания отечественного Военно-морского флота в Средиземном море. В отношении морской блокады Дарданелл, эффективность которой действительно снизилась, императрица считала, что “предмет сей важен, но есть многие другие, для которых пребывание Нашего флота в Архипелаге еще очень нужным почитать можно, хотя бы он и ничего казистого не предпринимал…”. Действия моряков в Средиземном море отвлекали на себя часть турецких сил с главного театра войны. Оттоманская Порта несла серьезные убытки от потери контроля над Архипелагом. Российский флот по сравнению с армией находился в относительной близости от турецкой столицы, поэтому потенциальная угроза со стороны Дарданелл оказывала психологическое воздействие на Оттоманскую Порту и жителей Константинополя.
19 декабря 1772 г. Панин высказывал свое мнение по поводу действий российских кораблей против торгового судоходства в Архипелаге. Глава Коллегии иностранных дел считал, что никакое нейтральное государство не имеет права на особые привилегии в перевозке товаров по морю. Все нации должны находиться в равных условиях. Это позволит избежать взаимных претензий и послужит на пользу и обеспечение безопасности кораблей России в далеких водах. Ссылаясь на международные трактаты, Панин считал вполне допустимым не пропускать торговые суда нейтральных стран в порты неприятеля, которые фактически блокированы с моря.
Летом 1773 г. российский флот возобновил активные действия против турецкого судоходства по всей акватории Восточного Средиземноморья. С июня до конца года в крейсерстве у берегов Сирии находился отряд из 19 небольших кораблей под командованием капитана 2 ранга М. Г. Кожухова35. В июне - июле на коммуникациях в труднодоступных проливах вдоль анатолийского побережья от Самоса до Родоса успешно действовал отряд капитана 2 ранга В. П. Фондезина. С июня по октябрь линейный корабль и три фрегата под общим командованием капитан-лейтенанта Ф. Я. Мистрова патрулировали вдоль греческих берегов Майны от портов Витула и Корони на западе до острова Негропонта на востоке. У входа в пролив Дарданеллы против каботажного плавания действовали российские фрегаты и греческие арматоры. Спасаясь от их преследования, турецкие суда неоднократно прикрывались российским флагом. Этим они пытались обмануть бдительность своих преследователей.
6 мая 1774 г. Екатерина II сообщала Орлову о желании турок возобновить мирные переговоры. Императрица опасалась того, что противник стремится только временно прекратить военные действия с целью использования перемирия для восстановления боеспособности армии и флота. Поэтому, в отличие от условий мирного конгресса, проходившего в Бухаресте с 29 октября 1772 г. по 9 марта 1773 г., российским силам было приказано не приостанавливать выполнение своих задач. 9 июня 1774 г. войска под командованием генерал-поручика А. В. Суворова разгромили турок при Козлуджи. Вскоре армия генерал-фельдмаршала П. А. Румянцева подошла к Шумле, где находилась ставка великого визиря. Это заставило его ускорить начало мирных переговоров. 5 июля 1774 г. представители воевавших сторон начали работу в Кючук-Кайнарджи.
Накануне и в ходе переговоров российский флот также успешно действовал в Архипелаге. В начале мая 1774 г. Екатерина II писала Орлову о том, что политические интересы России требуют продолжения военных действий и оставления кораблей отечественного флота в Средиземном море. В своем рескрипте императрица в качестве главной задачи выделяла пресечение турецкой торговли и мореплавания в Архипелаге.