Материал: Молекулярная биология клетки

Молекулярная биология клетки

Содержание

1. История открытия <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B5%D0%BF%D0%B0%D1%80%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F_%D0%94%D0%9D%D0%9A>

. Источники повреждения ДНК

. Основные типы повреждения ДНК <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B5%D0%BF%D0%B0%D1%80%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F_%D0%94%D0%9D%D0%9A>

.Устройство системы репарации <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B5%D0%BF%D0%B0%D1%80%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F_%D0%94%D0%9D%D0%9A>

. Типы репарации <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B5%D0%BF%D0%B0%D1%80%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F_%D0%94%D0%9D%D0%9A>

.1 Прямая репарация <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B5%D0%BF%D0%B0%D1%80%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F_%D0%94%D0%9D%D0%9A>

.2 Эксцизионная репарация <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B5%D0%BF%D0%B0%D1%80%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F_%D0%94%D0%9D%D0%9A>

.3 Пострепликативная репарация <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B5%D0%BF%D0%B0%D1%80%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F_%D0%94%D0%9D%D0%9A>

. Интересные факты <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B5%D0%BF%D0%B0%D1%80%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F_%D0%94%D0%9D%D0%9A>

Вывод

Список литературы

1. История открытия

 <https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Ssvsds.jpg?uselang=>

Однонитевое и двунитевое повреждения ДНК

Начало изучению репарации было положено работами А. Келнера (США <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A1%D0%A8%D0%90>), который в 1948 <https://ru.wikipedia.org/wiki/1948> обнаружил явление фотореактивации (ФР) - уменьшение повреждения биологических объектов, вызываемого ультрафиолетовыми (УФ) лучами, при последующем воздействии ярким видимым светом (световая репарация). [1] <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B5%D0%BF%D0%B0%D1%80%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F_%D0%94%D0%9D%D0%9A>

Р. Сетлоу, К. Руперт (США <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A1%D0%A8%D0%90>) и др. вскоре установили, что фотореактивация - фотохимический процесс, протекающий с участием специального фермента и приводящий к расщеплению димеров тимина <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A2%D0%B8%D0%BC%D0%B8%D0%BD>, образовавшихся в ДНК <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%94%D0%9D%D0%9A> при поглощении УФ-кванта. [3] <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B5%D0%BF%D0%B0%D1%80%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F_%D0%94%D0%9D%D0%9A>

Позднее при изучении генетического контроля чувствительности бактерий <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%91%D0%B0%D0%BA%D1%82%D0%B5%D1%80%D0%B8%D0%B8> к УФ-свету и ионизирующим излучениям была обнаружена темновая репарация - свойство клеток ликвидировать повреждения в ДНК <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%94%D0%9D%D0%9A> без участия видимого света. Механизм темновой репарации облученных УФ-светом бактериальных клеток <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%91%D0%B0%D0%BA%D1%82%D0%B5%D1%80%D0%B8%D0%B8> был предсказан А. П. Говард-Фландерсом и экспериментально подтвержден в 1964 <https://ru.wikipedia.org/wiki/1964> Ф. Ханавальтом и Д. Петиджоном (США <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A1%D0%A8%D0%90>). Было показано, что у бактерий <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%91%D0%B0%D0%BA%D1%82%D0%B5%D1%80%D0%B8%D0%B8> после облучения происходит вырезание поврежденных участков ДНК <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%94%D0%9D%D0%9A> с измененными нуклеотидами и ресинтез ДНК <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%94%D0%9D%D0%9A> в образовавшихся пробелах. [22] <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B5%D0%BF%D0%B0%D1%80%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F_%D0%94%D0%9D%D0%9A>

Системы репарации существуют не только у микроорганизмов <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9C%D0%B8%D0%BA%D1%80%D0%BE%D0%BE%D1%80%D0%B3%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D0%B7%D0%BC%D1%8B>, но также в клетках животных <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%96%D0%B8%D0%B2%D0%BE%D1%82%D0%BD%D1%8B%D0%B5> и человека <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A7%D0%B5%D0%BB%D0%BE%D0%B2%D0%B5%D0%BA>, у которых они изучаются на культурах тканей <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%D1%83%D0%BB%D1%8C%D1%82%D1%83%D1%80%D0%B0_%D1%82%D0%BA%D0%B0%D0%BD%D0%B5%D0%B9>. Известен наследственный недуг человека - пигментная ксеродерма <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%D1%81%D0%B5%D1%80%D0%BE%D0%B4%D0%B5%D1%80%D0%BC%D0%B0>, при котором нарушена репарация. Репарация (от лат. <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9B%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BD%D1%81%D0%BA%D0%B8%D0%B9_%D1%8F%D0%B7%D1%8B%D0%BA> reparatio - восстановление) - особая функция клеток <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%D0%BB%D0%B5%D1%82%D0%BA%D0%B0_(%D0%B1%D0%B8%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D1%8F)>, заключающаяся в способности исправлять химические повреждения и разрывы в молекулах ДНК <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%94%D0%9D%D0%9A>, повреждённой при нормальном биосинтезе ДНК в клетке или в результате воздействия физических или химических агентов. Осуществляется специальными ферментными системами клетки. Ряд наследственных болезней (напр., пигментная ксеродерма <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9F%D0%B8%D0%B3%D0%BC%D0%B5%D0%BD%D1%82%D0%BD%D0%B0%D1%8F_%D0%BA%D1%81%D0%B5%D1%80%D0%BE%D0%B4%D0%B5%D1%80%D0%BC%D0%B0>) связан с нарушениями систем репарации. Видимо, уже на ранних стадиях эволюции ДНК заменила РНК в качественосителя генетической информации.

Этому гипотетическому событию должны были способствовать большая химическая устойчивость ДНК, связанная с заменой рибозы на дезоксирибозу, и двуцепочечное строение, «скрывающее» целый ряд реакционноспособных группировок. Но несмотря на свои «преимущества», ДНК постоянно подвергается химическим изменениям, как спонтанным, так и индуцируемым мутагенами и даже клеточными метаболитами. Еще одна обычная причина повреждений ДНК - радиация и ультрафиолетовое облучение. Большинство происходящих с ДНК изменений недопустимы: они либо приводят к вредным мутациям, либо блокирую репликацию ДНК и вызывают гибель клеток. Поэтому все клетки имеют специальные системы исправления повреждений, репарации ДНК. Нарушение этих систем губительно.

Принципы репарации ДНК у различных организмов сходны, поэтому эти принципы рассматриваются на примере E. coli, у которой они хорошо изучены. [17] <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B5%D0%BF%D0%B0%D1%80%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F_%D0%94%D0%9D%D0%9A>

2. Источники повреждения ДНК

Ультрафиолетовое излучение <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A3%D0%BB%D1%8C%D1%82%D1%80%D0%B0%D1%84%D0%B8%D0%BE%D0%BB%D0%B5%D1%82%D0%BE%D0%B2%D0%BE%D0%B5_%D0%B8%D0%B7%D0%BB%D1%83%D1%87%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D0%B5>

Радиация

Химические вещества <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A5%D0%B8%D0%BC%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%BE%D0%B5_%D1%81%D0%BE%D0%B5%D0%B4%D0%B8%D0%BD%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D0%B5>

Ошибки репликации ДНК <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B5%D0%BF%D0%BB%D0%B8%D0%BA%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F_%D0%94%D0%9D%D0%9A>

Апуринизация - отщепление азотистых оснований от сахарофосфатного остова

Дезаминирование <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%94%D0%B5%D0%B7%D0%B0%D0%BC%D0%B8%D0%BD%D0%B8%D1%80%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D0%B5> - отщепление аминогруппы от азотистого основания[24] <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B5%D0%BF%D0%B0%D1%80%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F_%D0%94%D0%9D%D0%9A>

3. Основные типы повреждения ДНК

Повреждение одиночных нуклеотидов

Повреждение пары нуклеотидов

Разрыв цепи ДНК

Образование поперечных сшивок между основаниями одной цепи или разных цепей ДНК

 <https://commons.wikimedia.org/wiki/File:DNA_Repair.jpg?uselang=>

ДНК-лигаза <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%94%D0%9D%D0%9A-%D0%BB%D0%B8%D0%B3%D0%B0%D0%B7%D0%B0>, осуществляющая репарацию ДНК <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%94%D0%9D%D0%9A>

4. Устройство системы репарации

Каждая из систем репарации включает следующие компоненты:

ДНК-хеликаза <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A5%D0%B5%D0%BB%D0%B8%D0%BA%D0%B0%D0%B7%D0%B0> - фермент, «узнающий» химически изменённые участки в цепи и осуществляющий разрыв цепи вблизи от повреждения;

экзонуклеаза <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%AD%D0%BA%D0%B7%D0%BE%D0%BD%D1%83%D0%BA%D0%BB%D0%B5%D0%B0%D0%B7%D0%B0> - фермент, удаляющий повреждённый участок;

ДНК-полимераза <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%94%D0%9D%D0%9A-%D0%BF%D0%BE%D0%BB%D0%B8%D0%BC%D0%B5%D1%80%D0%B0%D0%B7%D0%B0> - фермент, синтезирующий соответствующий участок цепи ДНК <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%94%D0%9D%D0%9A> взамен удалённого;

5. Типы репарации

У бактерий <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%91%D0%B0%D0%BA%D1%82%D0%B5%D1%80%D0%B8%D0%B8> имеются по крайней мере 3 ферментные системы, ведущие репарацию - прямая, эксцизионная и пострепликативная. У эукариот к ним добавляется еще Mismatch и SOS-репарация.

5.1 Прямая репарация

Прямая репарация - наиболее простой путь устранения повреждений в ДНК <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%94%D0%9D%D0%9A>, в котором обычно задействованы специфические ферменты <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A4%D0%B5%D1%80%D0%BC%D0%B5%D0%BD%D1%82>, способные быстро (как правило, в одну стадию) устранять соответствующее повреждение, восстанавливая исходную структуру нуклеотидов <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9D%D1%83%D0%BA%D0%BB%D0%B5%D0%BE%D1%82%D0%B8%D0%B4>. Так действует, например, O6-метилгуанин-ДНК-метилтрансфераза, которая снимает метильную группу с азотистого основания на один из собственных остатков цистеина <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A6%D0%B8%D1%81%D1%82%D0%B5%D0%B8%D0%BD>. [20] <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B5%D0%BF%D0%B0%D1%80%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F_%D0%94%D0%9D%D0%9A>

5.2 Эксцизионная репарация

Эксцизионная репарация (англ. <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%90%D0%BD%D0%B3%D0%BB%D0%B8%D0%B9%D1%81%D0%BA%D0%B8%D0%B9_%D1%8F%D0%B7%D1%8B%D0%BA> excision - вырезание) включает удаление повреждённых азотистых оснований из ДНК и последующее восстановление нормальной структуры молекулы. Эксцизионная репарация (excision repair): процесс с участием ферментативной системы, которая удаляет короткую однонитевую последовательность двунитевой ДНК , содержащей ошибочно спаренные или поврежденные основания , и замещает их путем синтеза последовательности, комплементарнойоставшейся нити.

Эксцизионная репарация является наиболее распространенным способом репарации модифицированных оснований ДНК. Этот тип репарации базируется на распознавании модифицированного основания различными гликозилазами, расщепляющими N-гликозидную связь этого основания с сахарофосфатным остовом молекулы ДНК. При этом существуют гликозилазы, специфически распознающие присутствие в ДНК определенных модифицированных оснований (оксиметилурацила, гипоксантина, 5-метилурацила, 3-метиладенина, 7-метилгуанина и т.д.). Для многих гликозилаз к настоящему времени описан полиморфизм, связанный с заменой одного из нуклеотидов в кодирующей последовательности гена[23] <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B5%D0%BF%D0%B0%D1%80%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F_%D0%94%D0%9D%D0%9A>. Для ряда изоформ этих ферментов была установлена ассоциация с повышенным риском возникновения онкологических заболеваний.

5.3 Пострепликативная репарация

ип репарации, имеющей место в тех случаях, когда процесс эксцизионной репарации недостаточен для полного исправления повреждения: после репликации с образованием ДНК, содержащей поврежденные участки, образуются одноцепочечные бреши, заполняемые в процессе гомологичной рекомбинации <https://ru.wikipedia.org/w/index.php?title=%D0%93%D0%BE%D0%BC%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D1%87%D0%BD%D0%B0%D1%8F_%D1%80%D0%B5%D0%BA%D0%BE%D0%BC%D0%B1%D0%B8%D0%BD%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F&action=edit&redlink=1> при помощи белка RecA <https://ru.wikipedia.org/w/index.php?title=RecA&action=edit&redlink=1>.[1]

Пострепликативная репарация была открыта в клетках E.Coli, не способных выщеплять тиминовые димеры. Это единственный тип репарации, не имеющий этапа узнавания повреждения.

6. Интересные факты

Полагают, что от 80 % до 90 % всех раковых заболеваний <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%D0%B0%D1%80%D1%86%D0%B8%D0%BD%D0%BE%D0%BC%D0%B0> связаны с отсутствием репарации ДНК <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%94%D0%9D%D0%9A>[2] <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B5%D0%BF%D0%B0%D1%80%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F_%D0%94%D0%9D%D0%9A>.

Повреждение ДНК под воздействием факторов окружающей среды, а также нормальных метаболических процессов, происходящих в клетке, происходит с частотой от нескольких сотен до 1000 случаев в каждой клетке, каждый час.

молекула репликация биосинтез клетка

ВЫВОД

Основная часть вывода представлена в таблице1. Однако, хотелось бы сказать, что наибольшее сходство между процессом репарации и доброкачественной опухолью, где анаплазия выражена не столь сильно, а метастазов и инвазии нет. [25] <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B5%D0%BF%D0%B0%D1%80%D0%B0%D1%86%D0%B8%D1%8F_%D0%94%D0%9D%D0%9A> Возможно у репарации и за онкогенеза есть еще какие - то общие, еще не известные нам черты. Возможно некоторые процессы протекают под влиянием одних и сигналов, возможно в геноме репарирующих клеток включаются такие же механизмы, что и в геноме опухолевых клеток, тогда когда они выходят из нормального клеточного цикла и начинают активно пролиферировать. Это пока еще не известно.

Список литературы

1. Б. Албертс и др./ «Молекулярная биология клетки» Москва. Мир.1994г. - С.7-13.

. /Б.П. Ахмедов/ «Злокачественные новообразования» Москва. Медицина. 1984г. - С.1-21.

. «Биологические основы злокачественного роста» Сборник статей. Москва. Иностранная литература.1950г. - С.3-11.

. / И.Ф. Сейц, П.Г. Князев //«Молекулярная онкология» Москва, Медицина, 1986г. - С.6-12.

. «Справочник онколога» Москва. Медицина. 1974г. - С.2-19.

. «Соросовский образовательный журнал»//Г.И. Абелев «Что такое опухоль». 10/1997г. - С.15-21.

. «Соросовский образовательный журнал» В.Н. Сойфер «Репарация генетических повреждений» 8/1997г. - С.13-22.

. «Соросовский образовательный журнал» Ю.М. Васильев «Социальное поведение нормальных и антисоциальное поведение опухолевых клеток» 4,5/1997г. - С.12-31.

. «Украинский нейрохирургический журнал»// «Онкогенез глиом головного мозга» Киев. 9/2000г. - С.22-31.

. С. Г. Инге-Вечтомов. Генетика с основами селекции. - Москва: Высшая школа. 1989. - С.12-21.

11. А.С.Коничев. Г.А.Севастьянова //Молекулярная биология. - Москва: Академия. 2003. - ISBN 5-7695-0783-7 <https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A1%D0%BB%D1%83%D0%B6%D0%B5%D0%B1%D0%BD%D0%B0%D1%8F:%D0%98%D1%81%D1%82%D0%BE%D1%87%D0%BD%D0%B8%D0%BA%D0%B8_%D0%BA%D0%BD%D0%B8%D0%B3/5769507837>.

. Michael M. Vilenchik and Alfred G. Knudson, Jr. (2000). Inverse radiation dose-rate effects on somatic and germ-line mutations and DNA damage rates. PNAS May 9, 2000 vol. 97 no. 10 5381-5386

. Горбунова В.Н., Баранов B.C. Введение в молекулярную диагностику и генотерапию наследственных заболеваний.- Санкт-Петербург: Специальная литература, 1997.- 286 с.

14. Клонирование ДНК. Методы: Пер. с англ./Под ред. Д. Гловера. - М.: Мир, 1988. - 538 с, ил.

. Новое в клонировании ДНК. Методы.- Пер. с англ./Под ред. Д. Гловера.- М.: Мир, 1989.- 368 с, ил.

. Уотсон Дж., Туз Дж., Курц Д. Рекомбинантные ДНК: Краткий курс. -М.: Мир, 1986.- 480 с.

. Хесин Р.Б. Непостоянство генома.- М.: Наука, 1984.- 472 с.

18. Щелкунов СЕ. Конструирование гибридных молекул ДНК. -Новосибирск: Наука, 1987.- 168 с. Зверева С. Д., Романов Г. А. Репортерные гены для генетической инженерии растений: характеристика и методы тестирования // Физиология растений. 2000. Т. 47, № 3. С. 479-488.

. Ли А., Тинланд Б. Интеграция т-ДНК в геном растений: прототип и реальность // Физиология растений. 2000, том 47, № 3. С. 354-359

. Пирузян Э. С., Андрианов В. М. Плазмиды агробактерий и генная инженерия растений.М.: Наука, 1985. 280 с.

. Пирузян Э. С. Генетическая инженерия растений. М.: Знание, 1988. 64 с.

. Пирузян Э. С. Основы генетической инженерии растений. М.: Наука, 1988. 304 с.

. Пирузян Э. С. Проблемы экспрессии чужеродных генов в растениях // Итоги науки и техники ВИНИТИ. Сер. Биотехнология. 1990. Т. 23. 176 с.

.Албертс Б., Брей Д., Льюис Дж. и др. Молекулярная биология клетки. Т. 1 3. М.: Мир, 1994.