Общий надзор за церковным - школьным делом осуществляла особая инспекция, которая со второй половины 90-х гг. XIX в. в каждой епархии состояла из епархиального и уездных наблюдателей. Они следили за состоянием церковных школ посредством их частого посещения. Непосредственное руководство школой возлагалось на заведующего, чаще всего из священнослужителей.
Педагогический состав церковных школ был довольно пестрым. В учебных заведениях работали как духовные, так и светские лица, которые имели разную подготовку. Церковно-школьное управления предпринимало все необходимые меры к обеспечению школ квалифицированными специалистами. Но до конца решить эту проблему не смогло.
В последней трети XIX - начале XX вв. духовным ведомством было создано 6 разрядов церковных школ. Они образовывали единую достаточно стройную систему начального духовного образования с общим административным управлением и соответствующими правилами организации, просуществовавшую без существенных изменений до 1917 г. Русская Православная Церковь сумела занять свою нишу в образовательном пространстве, решая наряду с другими ведомствами проблему обучения детей.