Наступление сербских войск развивалось достаточно успешно. Несмотря на сопротивление в отдельных пунктах и артиллерийскую поддержку противника с территории Хорватии, к 7 октября 1992 года сербские войска смогли занять Дервенту, Брод, Костреш, Бело-Брдо и выйти к берегам Савы. Посавинский коридор остался в руках сербов. Сразу же после операции «Коридор-92» армия РС предприняла операцию «Врбас-92» по занятию городов Яйце, Србобран и Турбе, гидроэлектростанций «Яйце-1» и «Яйце-2».
Летом 1992 года мусульмане держали в своих руках только 11% территории, у хорватов было даже несколько больше, так как им помогала регулярная армия Хорватии.
В свою очередь, одновременно с началом летнего наступления сербов, активизировали свои наступательные действия хорваты и практически полностью заняли район Герцег-Босна на юге республики (Западная Герцеговина). Лидер ХДС БиГ М.Бобан заявил, что эта территория станет независимым хорватским кантоном в составе республики Босния и Герцеговина. Две противоборствующие стороны, таким образом, определились в отношении территориального раздела БиГ путём создания сербского и хорватского автономных образований. 3 июля 1992 года было провозглашено Хорватское государство в БиГ во главе с М.Бобаном. Однако союз хорватов и мусульман не был прочным. Сближение по определённым вопросам будущего устройства БиГ между руководством боснийских сербов и хорватов происходило ещё с конца 1991 года. А 6 мая 1992 года в Граце (Австрия) состоялась встреча Р.Караджича и М.Бобана, на которой лидеры самопровозглашенных государственных формирований на территории БиГ договорились о разграничении между двумя этническими группами. Такие встречи вызвали отрицательную реакцию не только А,Изетбеговича, стремившегося сохранить целостность БиГ, но и представителей мирового сообщества. Ослабление мусульмано-хорватского союза способствовало расширению сербами контролируемой ими территории. Они к осени 1992 года полностью блокировали Сараево, а к весне 1993 года в руках сербов находилось около 70% территории БиГ. У мусульман осталось не более 10% территории, у хорватов - 20%. Обвинения в адрес правительства А.Изетбеговича в распространении исламского фундаментализма и стремлении создать исламское государство стали предъявлять не только Белград, Пале и Книн, но и Загреб. В начале мая хорваты начали этническую чистку территории Герцег-Босны от мусульман. Тяжелейшие бои развернулись за город Мостар. Действия сторон носили ожесточённый характер, ужасы, творимые противоборствующими сторонами - мусульманами и хорватами - в отношении мирного населения способны были повергнуть в шок. Однако к тому времени у мирового сообщества сложилась определённая «презумпция виновности» сербов как в развязывании войны на территории бывшей Югославии, так и в самых зловещих проявлениях в виде этнических чисток и расправ над мирным населением. Поэтому пристальное внимание было только к проявлениям зверств с их стороны, которые зачастую сербам приписывались. Вместе с тем, армия БиГ ответила на акции хорватских войск наступлением на хорватские территории в Центральной Боснии, где ситуация складывалась не в пользу последних. Мусульмане в ходе боёв заняли города Бугойно, Травник, Вареш. Солидарность с мусульманами БиГ проявили представители многих исламских стран. По некоторым данным, которые приводит Е.Ю.Гуськова, на стороне войск А.Изетбеговича сражались свыше 2 тыс. профессиональных военных из Малайзии, Пакистана, Алжира, Ливии и других стран. Некоторые исследователи указывают на примерно 20 тыс. иностранцев в армии мусульман. Около 1 тыс. добровольцев влились в ряды армии БиГ из Турции. По некоторым подсчётам, число наёмников в мусульманской армии достигало 20% личного состава. Террористическая исламская организация «Вооружённое исламское движение», идеологией которой была панисламская солидарность, имела сеть территориальных и разведывательных резидентур на Балканах. Боевики «Вооружённого исламского движения» посылались в Боснию из регионального центра в Тегеране. Оттуда же на Балканы шло их оснащение. Среди наёмников в войсках Изетбеговича были «солдаты удачи» из Великобритании, Германии, Италии и даже Японии. По свидетельствам русских добровольцев, воевавших в армии РС, в составе вооруженных сил БиГ были также и граждане бывшего СССР, не только мусульмане, но и славяне, которые воевали за деньги и имели даже правительственные награды республики БиГ. Мусульманские наёмники - моджахеды - проявляли особую жестокость по отношению к хорватам и сербам. Способы убийств людей моджахедами поражали своей изощрённостью. Людям выкалывали глаза, отрезали конечности, головы, сажали на кол, сжигали живьём. Помимо прочего, наёмники в армии Изетбеговича занимались организацией и проведением диверсионных актов, обучали солдат армии БиГ.
Стоит отметить, что наёмничество стало одной из характерных черт войны в Боснии. С различных концов земного шара в армии противоборствующих сторон стекались желающие заработать деньги на войне - преступники, авантюристы, люди, не нашедшие себя в мирной жизни. Но много было и тех, кто ехал воевать на Балканы по идейным соображениям. Приезжали поддержать с оружием в руках единоверцев-мусульман, борцы против «сербо-коммунзма», «сербо-четничества», либо наоборот - поддерживающие борьбу «братьев-сербов». В армии РС также не обошлось без добровольцев - из бывшего СССР, Румынии, Болгарии, Греции, даже из стран Западной Европы. Стоит напомнить, что на стороне Хорватской республики БиГ сражались регулярные части армии Республики Хорватии, добровольцы с «большой земли».
Обстановка в рядах противоборствующих сторон приобретала запутанный характер. Возникали союзы двух сторон против третьей, в различных регионах БиГ сербы объединялись с хорватами против мусульман и с мусульманами против хорватов. Часто солдаты армии РС своими акциями спасали от этнических чисток и истребления самих мусульман, которые бежали от зверств «Зелёных беретов» (солдаты армии БиГ) и моджахедов. Не всё спокойно было в мусульманском лагере. Например, против республиканского центра в Сараево выступили сторонники Фикрета Абдича, «автономисты». Абдич - бывший член президиума БиГ - на предвоенных выборах набрал больше голосов, чем Изетбегович, но по непонятным причинам снял свою кандидатуру. Весной 1992 года он порвал с боснийским правительством и объявил район Западной Боснии с населением около 300 тыс. человек независимым от Сараево. Ф.Абдич выступал за решение всех проблем мирным путём, был против планов Изетбеговича создать мусульманское государство в БиГ, стоял за светский образ жизни. Им были заключены мирные соглашения с сербами РС и РСК, которые гарантировали Туджман и Милошевич. Изетбегович отдал приказ войскам о ликвидации автономии, однако часть сил 5-го корпуса армии БиГ перешла на сторону Абдича. Международные организации игнорировали Абдича с его автономией, и в итоге, в 1994 году силы автономистов были потеснены, а в 1995 году, в результате падения РСК, автономии не стало, она была оккупирована правительственными войсками БиГ. Международное сообщество, между тем, уже неоднократно предпринимало попытки по урегулированию боснийского конфликта мирным путём. В Совбезе ООН этот вопрос являлся предметом постоянного обсуждения. Также проблема урегулирования в БиГ рассматривалась на многочисленных европейских конференциях, находилась в центре внимания специального посланника Генсека ООН С.Вэнса и уполномоченного ЕС Д.Оуэна. Оба этих международных деятеля и вырабатывали совместный план урегулирования конфликта (план Вэнса-Оуэна). Данный план предусматривал создание на территории БиГ девяти кантонов по национально-территориальному принципу и одного смешанного - со столицей в Сараево. Однако боснийские сербы отрицательно отнеслись к предложенной планом карте территориального размежевания. В 1993 году на сербов, в связи с их нежеланием принимать план Вэнса-Оуэна, начался мощный международный нажим. Это было обусловлено, в частности, и тем, что пришедшая к власти в США администрация Б.Клинтона активно включилась в решение вопросов по урегулированию в бывшей Югославии. С другой стороны, необходимо отметить, что по плану Вэнса-Оуэна, сербы должны были отдать значительную часть своих территорий. Более того, практически всё производство, подавляющее большинство предприятий по разработке полезных ископаемых БиГ должны были остаться в руках мусульман и хорватов.
Официальный Белград в лице президента С. Милошевича поддержал план Вэнса-Оуэна (в обмен на смягчение санкций) и со своей стороны стал оказывать давление на Р.Караджича и сербское правительство в Пале.
Боснийские сербы оказались под двойным прессом, однако принимать план урегулирования отказались.
У мусульман также был ряд источников по вооружению собственной армии. В их руках остался ряд складов ЮНА с достаточно большим количеством боеприпасов. Кроме того, на подконтрольных мусульманским войскам территориях функционировал ряд заводов и фабрик по производству оружия и боеприпасов. Одним из крупнейших таких предприятий являлась фабрика «Победа», находившаяся в мусульманском анклаве Горажде. Кроме того, в руки мусульман поступало вооружение из Германии, так же с бывших складов ГДР, а также из Венгрии и ряда Западноевропейских стран. Оружие шло транзитом через Словению и Хорватию, либо (весьма часто) под видом гуманитарного груза.
В целом, обстановка в БиГ в 1993 - начале 1994 годов продолжала оставаться крайне запутанной. В отдельных районах республики противоборствующие силы то вели войну по принципу «все против всех», то заключали временные союзы с одной из сторон, которые обуславливались сиюминутными целями, либо даже личностными отношениями местных лидеров. Стоит отметить, что помимо регулярных армий трёх сторон - армии Хорватии, армии БиГ и армии РС - в стане участников конфликта сражалось большое число нерегулярных воинских формирований, привязанных к месту жительства в первую очередь. Они действовали по периметру территории, входившей, в основном, в территорию их общины. У многих таких групп была своя униформа, свои знаки различия и свои источники вооружения.
Как уже отмечалось, сильна была привязанность солдат к месту проживания. Таким образом, можно заключить, что одной из основных проблем армии РС было отсутствие мобильности большинства её частей, которые затруднительно было перебрасывать за короткое время на различные участки фронта. С другой стороны, боевые действия в 1993 - начале 1994 года носили скорее позиционный характер. Это можно объяснить тем, что и сербы, и хорваты уже к началу 1993 года в принципе контролировали те территории, которые в начале военной фазы конфликта считали для себя стратегически важными. Мусульманская армия, несмотря на самое высокое количество в её рядах, если сравнивать со всеми участниками военных действий, личного состава, была ещё недостаточно вооружена и обучена, чтобы её наступательные действия приносили значительный успех.
К середине 1993 года оформился новый проект мирного урегулирования в БиГ. Теперь планировалось осуществить раздел БиГ на три части по национальному признаку. Произошло, в частности, некоторое сближение между сербами и хорватами. Туджман и Караджич, в частности, готовы были обменяться некоторыми территориями. Мусульманская сторона была недовольна проектом раздела БиГ на три части. А. Изетбегович требовал снятия эмбарго на поставки вооружения с мусульманской стороны. Переговоры по мирному урегулированию проходили в Женеве. И стоит отметить, что Изетбегович всячески саботировал их, выдвигая, например, требования по выводу хорватских частей с ряда занятых ими территорий. С другой стороны, президент БиГ стремился всячески подорвать возникшее сближение между сербами и хорватами, предлагая Туджману создание федерации с передачей под хорватский контроль большого количества территорий. Тем не менее, хорватская сторона отвергла данное предложение. Объяснить это можно возросшим мусульмано-хорватским противостоянием в Центральной Боснии, в Мостаре, долине реки Неретвы. Хорваты старались сохранить за собой позиции в данном районе, а мусульмане - создать компактную территорию и взять под контроль города, где было развито военное производство - Травник, Витез, Бугойно. Мусульмане обвиняли хорватскую сторону в проведении этнических чисток и блокаде хорватской армией городов с большим количеством мирного населения. Мусульманская сторона всячески пыталась прервать мирные переговоры и 2 августа 1993 года делегация мусульман окончательно отказалась принять план трёхстороннего раздела БиГ по национальному принципу.
В декабре 1993 года из-за возобновившихся обстрелов Сараево вновь обострились противоречия между сербами и мусульманами. Изетбегович отклонил все предложения по мирному урегулированию в Женеве, несмотря на то, что сербы и хорваты готовы были отдать под контроль мусульман более 30% территории БиГ. Переговоры были окончательно сорваны. 5 февраля 1994 года на сараевском рынке произошёл взрыв, погибли 70 человек. Страны ЕС и НАТО по старой уже привычке обвинили во всём сербскую сторону. Войска НАТО были приведены в полную боеготовность. Совет Североатлантического альянса потребовал от сербов отвести тяжёлую артиллерию в 10-дневный срок за 20 км от Сараево. Если сербская артиллерия и танки остались бы в запретной зоне, по ним был бы нанесён авиационный удар. Мусульманам, у которых артиллерия находилась в той же зоне, никаких ультиматумов предъявлено не было. Хотя большинство международных военных наблюдателей отмечало, что сербские обстрелы были ответами на мусульманские провокации, которые размещали свои артиллерийские орудия на таких гражданских объектах, как школы, больницы и оттуда вели огонь по позициям сербов. Те не выдерживали и отвечали. Как по команде на месте происшествия оказывались толпы корреспондентов, которые в своих сфабрикованных заранее репортажах обвиняли сербов в геноциде и варварстве. Тем временем, причастность сербов к взрыву 5 февраля не была доказана. Более того, следы указывали на мусульманскую сторону. Тем не менее, переговоры по мирному урегулированию были окончательно сорваны. В итоге, благодаря усилиям российской дипломатии удалось уговорить сербов отвести тяжёлое вооружение за 20 км от Сараево, а также отозвать свои войска с архиважной в стратегическом плане высоты - горы Игман. Стоит отметить, что ранее сербам удалось овладеть этой высотой ценой больших усилий и потерь. Однако войска миротворцев, занявшие после ухода сербов Игман, очень быстро, без боя оставили гору мусульманам.
Хорватско-мусульманский кризис совпал по времени с обострением отношений между Хорватией и РСК. Кроме того, в противостоянии хорват и мусульман в Центральной Боснии и долине Неретвы, преимущество было на стороне мусульман. Действия хорватской стороны вызывали осуждение у международных наблюдателей. В связи с этим, Вашингтон стал предпринимать усилия по объединению мусульман и хорватов в конфедерацию, используя часть плана Вэнса-Оуэна. Такой союз должен был быть направлен в первую очередь против сербов.
В конце марта 1994 года в Вашингтоне были подписаны соглашения о создании хорватско-мусульманской федерации. Таким образом, американский сценарий путей разрешения балканского конфликта, в котором основной была ставка на объединение двух из трёх противоборствующих лагерей, рассчитанного на «усмирение» сербов, как основных виновников, по мнению руководства США, развязавшейся кровавой междоусобицы, вступил в действие. Разумеется, что последствиями такого объединения стала дальнейшая эскалация конфликта.
В апреле 1994 года армия БиГ предприняла широкомасштабное наступление на сербов. Однако особого успеха действия мусульманских войск командованию «зелёных беретов» не принесли (если не считать «вычещенных» тысяч сербских мирных жителей). Напротив, в результате предпринятого контрнаступления сербы смогли занять командные высоты вокруг города Горажде. Зона Горажде входила в число шести «зон безопасности» - анклавов, объявленных ООН демилитаризованной зоной и находившихся под защитой «голубых касок» на территории востока РС. Весьма убогой, надо отметить, защиты, когда речь шла о захвате этих зон мусульманами. Сербов интересовало в первую очередь овладение военной фабрикой «Победа», находившейся на территории анклава, которая снабжала армию БиГ большим количеством боеприпасов. В городе скопилось до 65 тыс. беженцев. Тем не менее, сербы начали обстрел Горажде из артиллерийских орудий. Также отряды армии РС пытались овладеть штурмом город, бои шли непосредственно за фабрику. Сербским отрядам удалось захватить «Победу», в которой они продержались несколько дней, а затем, заминировав различные объекты фабрики, оставить её. В захвате этого важнейшего мусульманского объекта участвовали и русские добровольцы.
Стоит отметить, что командующий армии РС Ратко Младич провёл операцию по наступлению в районе анклава Горажде без согласования с Пале. Уже тогда между армейским командованием и политической верхушкой РС наметились серьёзные противоречия. Мировое же сообщество сочли действия сербов экстремистскими, и Совет НАТО предъявил ультиматум, в котором угрожал уничтожить сербские военные объекты в радиусе 20 км вокруг города. Сербы отвели войска за 3 км от Горажде.
В августе 1994 года по решению руководства СРЮ была блокирована граница между Сербией и РС. Были прекращены все поставки, кроме гуманитарной помощи, с «большой земли» на территорию самопровозглашённой республики боснийских сербов. Также Белград согласился на мониторинг границы Сербии с Боснией международными наблюдателями. РС оказалась в полной изоляции, что серьёзно подорвало её военный потенциал. В это время, противники сербов, хорваты и мусульмане, за счёт поставок вооружения и подготовки их кадров при помощи западных советников, значительно увеличили свой боевой потенциал. В мае и августе 1995 года хорватская армия провела две тщательно спланированные военные операции по ликвидации РСК - «Блеск « и «Буря». В результате стремительного наступления хорватских частей (при поддержке НАТО и отсутствии сопротивления со стороны «голубых касок» на рубежах разграничения сербо-хорватского конфликта), которых поддержали из Боснии части 5-го корпуса армии БиГ, уничтоживших автономию Ф.Абдича, Республика Сербская Краина перестала существовать. А в середине августа совместные силы мусульман и хорватов предприняли наступление на позиции сербов в Центральной Боснии.
Окончательно изменило ситуацию в БиГ не в пользу сербов нанесение бомбовых ударов по сербским позициям авиацией НАТО. Произошли два основных события, которые явились поводом для применения против одной из противоборствующих сторон военной силы Североатлантического Альянса. Это события вокруг мусульманского анклава Сребреница и ракетный обстрел мирных жителей на рынке Маркале в Сараево.
В июле 1995 года, в ответ на участившиеся вылазки из анклава Сребреница мусульманских отрядов под командованием Насера Орича, направленные на расправу с мирным сербским населением в окрестных с Сребреницей сёлах, сербское командование предприняло наступление на этот мусульманский анклав. В результате полномасштабных боевых действий с применением различных видов техники, сербы выбили из города мусульманские формирования. В Сребренице скопилось огромное количество беженцев-мусульман. При этом стоит отметить, что, отступая, мусульманские солдаты совершили ряд тяжких преступлений в отношении мирного сербского населения также находившегося в Сребренице и его окрестностях. Произошёл ряд случаев мести со стороны сербских военных которые расстреливали попавших в плен бойцов Орича, а также некоторых мужчин-мусулман, которых сербы подозревали в участиях в боевых формированиях. При помощи мирового сообщества эти происшествия были раздуты до гуманитарной катострофы, с учётом того, что беженцев сербы не трогали, а Ратко Младич специально шёл на достаточно популистские шаги, позируя перед телекамерами вместе с беженцами, общаясь с ними. В результате по сфабриковонному заключению сербов обвинили в расстреле нескольких тысяч мусульман.