Специфику имели права и обязанности начальника Закаспийской области, в частности, ему предоставлялась дополнительная компетенция, сверх указанных в общеимперском законодательстве прав и обязанностей губернаторов по общему учреждению губернскому и по другим уставам и учреждениям. Так, относительно лиц туземного управления начальник области имел также следующие права: выдвигать туземцев для занятия должностей волостных управителей, утверждать их должности, сменять всех других лиц туземного управления, подвергать всех должностных лиц дисциплинарным взысканиям и аресту не свыше трехмесячного срока и предавать их за преступления суду. А в случаях, когда меры оказывались недостаточными для охранения общественного порядка, ему предоставлялось право подвергать туземцев по личному своему усмотрению или по донесениям уездных начальников аресту не свыше одного месяца [17, с. 182].
Положение 1886 г. определяло исполнительным органом в крае канцелярию, имевшую три отделения: 1) по вопросам управления и личного состава; 2) по земельным вопросам, налогам, по делам строительства, связи, просвещения и медицины; 3) по финансам, статистике, землям, вакуфному имуществу, по контролю за иностранными подданными. Особым отделом канцелярии был дипломатический, занимавшийся решением вопросов, связанных с российским протекторатом над Бухарой и Хивой. Областные правления, являясь исполнительными органами власти, находились под контролем военных губернаторов. Они занимались регулированием вопросов землевладения, землепользования, водопользования в оседлых и кочевых районах генерал-губернаторства, устанавливали и собирали налоги, контролировали работу уездной городской и сельской администрации, судов, занимались проблемами городского хозяйства.
Города Туркестанского генерал-губернаторства в отличие от городов Европейской России не пользовались правом самоуправления (в 1877 г. исключение в этом отношении было сделано лишь для Ташкента). Новшеством было введение в Туркестане уездных участков и должностей участковых начальников из местных военных и представителей военной администрации, тем не менее, туркестанская административная система по-прежнему относилась к типу военно-народного управления. В оседлых селениях, кочевых аулах, в участках продолжало действовать традиционное управление, основанное на правилах и законах адата и шариата. Сохранялся также народный суд, который осуществлял свои функции среди кочевников на основе обычного права, а среди оседлого населения - на основе мусульманского религиозного права. Административное устройство областей, исходя из принципиальных позиций военно-народного характера управления, предусматривало, что «на крестьянских и инородческих начальников… возлагается исполнение лежащих на уездных начальниках, согласно Положению об управлении Степных областей, обязанностей по общему наблюдению за инородческим управлением и народным судом, а также попечению о нуждах инородцев» [18, с. 179]. В итоге можно говорить, что по структурному наполнению административными единицами в региональную модель управления включены были губернии-области, военные округа, уезды, специфические мусульманские волости. В должности генерал-губернатора сочетались военное и гражданское управление с подчинением и военному ведомству, и министерству внутренних дел, а по специфическим предметам ведения и пределам власти, Туркестанское генерал-губернаторство больше походило на наместничество по типу Кавказского.
Положением 1886 г. определялось, что судебные установления в Туркестанском крае образованы и действуют на основании общих правил, изложенных в судебных уставах. Но действие общеимперского права постоянно уточнялось разъяснениями Сената, а в дальнейшем и изменялось внесением дополнений в законодательство в случае возникновения потребности при появлении новых общественных отношений. Например, при издании Положения в редакции 1892 г., оговаривалось, что в Бухарском ханстве состоят мировые судьи. Круг ведомства и пределы их власти, а также Самаркандского окружного суда и Российского политического агента в Бухаре по возникающим в пределах Бухарского ханства судебным делам определялись особыми правилами. Подобным же образом закреплялся специальный подход и в отношении порядка производства судебных дел в Хивинском ханстве.
В итоге выделим сложившееся общее судоустройство в крае. Исходным моментом надо признать, что у туземцев действовали народные суды, на основании особых о них правил. Оседлые туземцы и кочевники имели отдельные народные суды, разрешающие подсудные им дела на основании существующих в каждой из означенных частей населения обычаев. Народные суды назначались, по выбору населения, на три года. Число народных судей и пределы их участков определялись областными правлениями перед выборами, с тем, чтобы у оседлых туземцев не приходилось больше одного судьи на волость, а у кочевников число судей в волости было не менее четырех и не более числа аульных обществ в волости. Закон допускал разрешение споров известного рода не по общим законам Российской империи, «потому что наследственное право магометан имело свои основы по преимуществу в их бытовых и религиозных особенностях». И наоборот, подчеркивалось, что гражданские права, исходя из условий действия времени, порядка их судебной защиты и правил установления давности, не имеют внутренней связи со своеобразными местными юридическими отношениями наследственного права. Соответственно, они должны быть обсуждаемы по общему закону империи, не допускающему никакой неопределенности в этом отношении и устанавливающему точный срок, по истечении которого теряется возможность ограждать право, независимо от его материального содержания. Уточнялось, что допускаемое применение мусульманских законов, устраняющее действие по тому же предмету законов общеимперских, следует понимать как исключение, не подлежащее распространительному толкованию и ограниченное областью только имущественно-наследственных правоотношений. Судьям указывалось, что «имеются лишь льготные постановления, которыми облегчается оформление прав туземцев на принадлежащие им по местным воззрениям земли» [19, с. 242].
В общей системе государственного управления духовные дела местного населения регулировались общеимперским законодательством, которое принципиально в общей форме закрепило, что дела христиан иностранных исповеданий и иноверцев ведаются министерством внутренних дел, при этом оговаривалось, что все прочие дела и случаи по иностранным исповеданиям христианским и иноверным, не предоставленные по нижеизложенные в Учреждениях и Уставах представляются на Высочайшее разрешение [20]. В среднеазиатских владениях Российской империи местное управление духовными делами мусульман принадлежало их духовенству, высшему и приходскому. Определения Духовного правления исполнялись на местном и на русском языках, причем в них церковные служители, в зависимости от рода дел, обязаны были указывать служившие им основаниями к решению законы, как российские, так и мусульманские. А в случаях, когда решение превышало данную «Магометанскому Духовному Правлению власть», правление представляло дела такого рода со своим мнением через Губернатора в Министерство внутренних дел или в Правительствующий сенат по компетенции [20].
Стремление достичь баланса в достижении целей центральных властей и населения территории прослеживается и в преобразованиях податных отношений, в частности, уже в начале реформы новые установки имели очевидные результаты, а с их благополучным и скорейшим завершением связывалась функциональность механизма государства в регионе. Законодатель стремился в значительной степени к установлению необходимого равновесия между доходами, получаемыми с богато одаренного природой и обитаемого трудолюбивым и зажиточно живущим населением, и расходами государственного казначейства не только на благоустройство края и на содержание его гражданского управления, но и на содержание в нем управлений военных и войск. Соответственно, достижение состояния определенной урегулированности различного рода общественных отношений в среднеазиатских владениях способствовало не только весьма значительному оживлению промышленности и торговли, но заметными оказывались успехи в деле усиления в нем русского народонаселения, «за последнее тринадцатилетие более, чем удвоившегося, в своей численности, и в особенности возрастанием в нем крестьянской сельской колонизации», сказано в официальном отчете. При этом новопостроенные церкви в возникших русских селениях края наилучше свидетельствовали о силе и прочности зарождающейся в крае крестьянской колонизации [15, с. 9].
Поставленные Положением 1886 г. задачи для ведомства земледелия и государственных имуществ, в силу недавнего присоединения этих территорий, были обширнее и тверже, чем где-либо внутри империи или на других имперских окраинах. Их решение всецело лежало на общей администрации края, в составе которой, тем не менее, не имелось специальных органов для всех этих отраслей государственно-хозяйственного управления, за исключением, крайне недостаточного штата техников, состоящих при генерал-губернаторе и при строительных отделениях областных правлений для заведования лесной частью и обширной местной ирригацией. А потому постепенно становилось необходимым вносить дополнения и изменения в общий порядок управления, в частности, разработать проект местных учреждений министерства земледелия, согласовать его с центральными ведомствами и представить на рассмотрение высших властей. Отдельно отметим, что положение туркестанской администрации, всегда бывшее трудным по причине недостаточности местных управленческих кадров, скудости финансовых средств, обширности и сложности очерченных для нее обязанностей в крае, завоеванном силой оружия, иноверно-фанатической и чуждой по обычаям и быту своему, а также незнакомой с русскими законами и порядками и веками жившей под властью азиатских деспотов и далеко еще не дозревшей до осознания начал законности, в последние годы XIX в. становилось еще более затруднительным.
Правительственными отчетами обращалось внимание, что с подчинением управлений в областях края с 1887 г. общему губернскому учреждению и преобразованием их в административном, поземельно-податном и хозяйственном отношениях по закону 1886 г., осложнились и расширились во всех отношениях управленческие связи согласования и координации, но при этом средства остались по-прежнему скудные. Думается, что прежнее авторитетное военно-административное положение региональной власти, все более становившейся гражданской, в описанном социуме неминуемо должно снижаться, тем более с отделением от нее власти судебной, которая по Положению 1886 г. превращалась в совершенно независимое даже от главной местной администрации учреждение. Это обстоятельство по обращениям генерал-губернатора было учтено в дальнейшем, когда на основании Временных правил о применении судебных уставов 1864 г. в Сыр-Дарьинской, Самаркандской, Ферганской, Семиреченской, Акмолинской, Семипалатинской, Уральской и Тургайской областях с 1898 г. произошла значительная перестройка судебных органов в крае. Были определены полномочия мировых судей, съездов мировых судей, окружных судов, судебных палат и верховного кассационного суда - Правительствующего сената, при этом отдельно оговаривалось влияние мусульманского населения на суд. В частности, в этих областях окружной суд рассматривал подведомственные ему уголовные дела с участием присяжных заседателей. Подобным же образом были внесены некоторые уточнения и в отношении суда биев.
В условиях недостаточности квалифицированных управленческих кадров, существенного распространения действия местных структур и кадров, невозможности охватить край управленческим воздействием при существующем административном порядке естественным образом возникали предложения об увеличении полномочий государственной власти непосредственно на месте. К 1895 г. генерал-губернатор барон Вревский выступает с ходатайством не только о переустройстве судебной власти, но и требованием предоставления «главному начальнику края прав и власти, какой пользуются генерал-губернаторы в местностях, объявленных на положении усиленной охраны», и о введении денежного сбора с туземного населения взамен отбывания общей воинской повинности натурой [15, с. 20]. Вместе с этими насущными вопросами дальнейшего развития края им включалась также и ожидающая скорейшего разрешения проблема образовательных учреждений, в том числе «1) открытие в г. Ташкенте ремесленного училища; 2) устройство начальных школ в тех русских селениях, где они еще не устроены; 3) учреждение в крае специальной сельско-хозяйственной школы». Однако, наряду со стремлением внедрить в среднеазиатских владениях институты российской власти и права, а также элементы русской духовной и материальной культуры, региональный правитель считал возможным на перспективу «более широкое водворение в нем русских переселенцев-крестьян». При этом он признавал, что основа для такого процесса уже сложилась естественным ходом событий, поскольку крестьянское переселение в новозавоеванных областях Туркестанского края возникло четверть века тому назад само собою, стихийно, без каких-либо побудительных к нему мер или вызовов со стороны местной администрации, «немедленно-же вслед за образованием Туркестанского генерал-губернаторства» [15, с. 32].
Завершение военного освоения Средней Азии и сложности стабилизации административной практики в управлении туземным социумом, а также обнаруженные пробелы в существующем законодательстве относительно отдельных структур региональной системы администрации и исполнения некоторых специальных полномочий представительствами центральных правительственных учреждений на месте привели к внесению поправок и дополнений в действующее по этим вопросам законодательство. Так, по линии Комитета министров, рассмотревшего предложение военного министра о приведении в действие указа 1897 г. о разделении Сибири и среднеазиатских областей на военные округа [21], принято решение следовать доказавшим свою действенность на Кавказе административным нормам по структуре учреждений регионального управления. В частности, в связи с передачей в ведение Туркестанского генерал-губернаторства Семиреченской и Закаспийской областей, с вновь учреждаемой должностью помощника командующего Туркестанского военного округа предусматривалось соединить исполнение обязанностей Помощника Туркестанского генерал-губернатора, на основании установленных для помощника Главноначальствующего гражданской частью на Кавказе. Такая мера была признана возможной в условиях отдаленных и пространственно протяженных среднеазиатских владений, поскольку, в случае выбытия из края генерал-губернатора или продолжительной его болезни, занимающее данную должность лицо вступало в исполнение всех его обязанностей.