Одним из существенных недостатков реформы банковской системы является тот факт, что любое бывшее отделение Госбанка, переданное в состав одного из специализированных банков, продолжало обслуживать и предприятия других отраслей в соответствии с нормативными документами этих банков. Таким образом, отделение, получившее статус подразделения одного из специализированных банков, по-прежнему оставалось универсальным учреждением. Деление же клиентуры на “профильную” и “непрофильную”, “свою” и “чужую” способствовало возникновению нездоровых отношений между банком и хозяйствами и вместо ожидаемого партнерства приводило к серьезным конфликтам.
Существенный недостаток заключался и в том, что над каждым бывшим отделением Госбанка, переименованным в отделение одного из специализированных банков, возникло четыре управленческие структуры в виде областных управлений Госбанка, Агропромбанка, Промстройбанка и Жилсоцбанка. Каждое из них, руководствуясь указаниями из своего центра, направляло в отделение соответствующие указания и рекомендации. В свою очередь отделения банков должны были направлять отчетную документацию в четыре вышестоящих адреса.
Вследствие такой “перестройки” значительно возросло управленческое звено банковской системы на уровне области, края и автономной республики. Поскольку реорганизация проводилась в пределах имевшейся штатной численности Госбанка и Стройбанка, а областное звено потребовало существенного увеличения числа работников, то нередко это обеспечивалось путем сокращения штатной численности отделений, которые и без того были перегружены работой.
Реорганизация системы банков не затронула системы безналичных расчетов с помощью межфилиальных оборотов (МФО). Безналичные расчеты между предприятиями и организациями продолжали осуществляться так, будто в стране сохранился единый банк с разветвленной сетью своих учреждений (филиалов). В этой ситуации разукрупнение Госбанка СССР и создание нескольких специализированных банков привело к тому, что расчеты значительно замедлились, резко возросли остатки по счетам невыясненных сумм (что было вызвано несовершенством безналичных расчетов в тех случаях, когда поставщик и покупатель обслуживались учреждениям различных специализированных банков), существенно увеличилось время обработки данных и составления сводного баланса как по каждому из банков, так и по системе банков страны в целом.
Специализированные банки приступили к операциям с 1 января 1988 г. И довольно быстро стало ясно, что механизм управления системой банков усложнился, разросшийся административный аппарат своей ложной активностью подмял низовое звено - отделения, лишив их возможности самостоятельно решать вопросы кредитно-расчетного обслуживания клиентуры. Ведомства, творя реформу по своему образу и подобию, так увлеклись созданием удобных кресел, что не заметили, как управленческая пирамида стала на "голову": внизу одно отделение, а вверху 12 бюрократических структур. В итоге получился "аппаратный" вариант перестройки банковской системы. Реорганизация, проведенная, казалось бы, с целью ликвидации монопольного положения Госбанка и Стройбанка в сфере кредитных отношений, привела на смену одним монополистам других. Очень скоро стало ясно, что настоящая реорганизация банковской системы еще впереди.
На рубеже 80-х и 90-х годов в общественном мнении стала утверждаться мысль о необходимости перехода к рыночной экономике. На фоне ожесточенной идеологической дискуссии вокруг данной проблемы стали создаваться первые негосударственные коммерческие и кооперативные банки. Тем самым возникло качественно новое направление формирования банковской системы. Идеологически и экономически была подготовлена почва для возрождения коммерческих банков, судьба которых, казалось бы, бесповоротно определилась в момент их полной ликвидации при переходе к командным методам управления экономикой.
Численность вновь созданных коммерческих и кооперативных банков быстро возрастала. На 1 января 1989 г. в СССР насчитывалось всего 43 коммерческих и кооперативных банка, а через 2 года их число возросло до 1357, в том числе в России - до 1215. В дальнейшем количество коммерческих банков продолжало быстро возрастать, в том числе за счет образовавшихся на базе не оправдавших себя государственных специализированных банков.
К этому времени Госбанк СССР стал выполнять функции Центрального банка. Одновременно те же функции постепенно обретал Центральный банк РСФСР (Банк России). Тем самым в стране началось формирование двухуровневой банковской системы.
В этих условиях возникла необходимость в соответствующей законодательной базе, юридически закрепляюшей статус как центрального банка, так и коммерческих банков. Необходимые законы были приняты в декабре 1990 г. На союзном уровне Верховным Советом СССР 11 декабря 1990 г. были приняты законы “О Государственном банке СССР” и "О банках и банковской деятельности "; в Российской Федерации - законы "О Центральном банке РСФСР (Банке России)" и "О банках и банковской деятельности в РСФСР" (2 декабря 1990 г.). С принятием этих законов развитие сети коммерческих банков характеризовалась еше более быстрыми темпами и определенной уверенностью.