«Приняв крест этой власти в исключительно трудных условиях Гражданской войны и полного расстройства государственных дел и жизни, объявляю, что я не пойду ни по пути реакции, ни по гибельному пути партийности. Главной целью я ставлю создание боеспособной армии, победу над большевиками и установление законности и порядка»
Верховный правитель провозгласил первой, самой важной задачей укрепление и повышение боеспособности армии; второй -- «победу над большевизмом». Третьей задачей, решение которой признавалось возможным лишь при условии победы, провозглашалось «возрождение и воскресение погибающего государства». Деятельность новой власти объявлялась нацеленной на то, чтобы «временная верховная власть Верховного Правителя и Верховного Главнокомандующего могла бы передать судьбу государства в руки народа, предоставив ему устроить государственное управление по своей воле».
Вооружённые выступления против новой власти всё же последовали. В ночь с 22 на 23 декабря в Омске, когда Колчак тяжело заболел, большевики подняли восстание. Восстание было жёстко подавлено в тот же день частями омского гарнизона. В результате самосуда офицеров погибли восьмеро выпущенных большевиками из тюрьмы депутатов Учредительного собрания (Барсов, Брудерер, Лиссау, Локтев, Марковецкий, фон Мекк, Саров и Фомин). Остальные находившиеся в тюрьме депутаты после усмирения восстания были отпущены на свободу. Историк Хандорин констатирует, что в обстановке военного времени суровая практика военно-полевых судов была оправданной и применялась всегда. Тем более, что 30 ноября правительство Колчака приняло постановление, которое предусматривало смертную казнь для лиц, виновных в воспрепятствовании осуществлению власти Верховного правителя или Совета министров. Однако при подавлении восстаний, подобных декабрьскому омскому, нередко их участники становились жертвами самосудов. Впоследствии воинские части, подконтрольные Колчаку в Сибири, осуществляли операции против красных партизан. В этих операциях использовались также отряды Чехословацкого корпуса. Как сообщал историк П. А. Голуб, более 625 человек были расстреляны при подавлении восстания в Кустанае в апреле 1919 года, несколько селений были выжжены. Усмирителям восстания Колчак адресовал такой приказ: «От лица службы благодарю генерал-майора Волкова и всех господ офицеров, солдат и казаков, принимавших участие при подавлении восстания. Наиболее отличившихся представить к наградам». В ночь на 30 июля 1919 года в Красноярском военном городке вспыхнуло восстание, в котором приняли участие 3-й полк 2-й отдельной бригады и большинство солдат 31-го полка 8-й дивизии, всего до трёх тысяч человек. Захватив военный городок, восставшие предприняли наступление на Красноярск, но были разбиты, потеряв до семисот человек убитыми. Руководившему подавлением восстания генералу С. Н. Розанову адмирал послал телеграмму: «Благодарю вас, всех начальников, офицеров, стрелков и казаков за отлично выполненную работу».
Хотя большевики изображали режим Колчака исключительно в негативном свете (эта же традиция перекочевала затем в советскую историческую литературу), историк Хандорин писал, что в своём кругу лидеры большевиков называли самого Колчака «маргариновым диктатором», высмеивая так мягкость его режима, а также что сам В. И. Ленин с полным пониманием относился к методам Колчака по наведению порядка на подконтрольных ему территориях, говоря: «Довольно неумно порицать Колчака только за то, что он насильничал против рабочих и даже порол учительниц за то, что они сочувствовали большевикам. Это вульгарная защита демократии, это глупые обвинения Колчака. Колчак действует теми способами, которые он находит».
Имея в своём распоряжении бомльшую часть золотого запаса России, Колчак не позволял своему правительству расходовать золото, даже для стабилизации финансовой системы и борьбы с инфляцией (которой способствовала безудержная эмиссия «керенок» и царских рублей большевиками). На закупку вооружения и обмундирования для своей армии Колчак потратил 68 миллионов рублей
К лету 1919 года усилиями правительства положение на железных дорогах было исправлено, поезда стали ходить по расписанию, сократилось число злоупотреблений и беспорядков. Особое внимание Колчак уделял освоению стратегически важного для России Северного морского пути, которым адмирал интересовался ещё со времён полярных плаваний его юности. Теперь над проблемой продолжал работать созданный 23 апреля 1919 года по личному почину Александра Васильевича при Российском правительстве специальный Комитет Северного морского пути. В планах значились и новые исследовательские экспедиции, одна из которых была проведена в 1919 году в Карском море под руководством друга А. В. Колчака Б. А. Вилькицкого. В планах значилось и строительство нового порта в устье Енисея.
Чтобы снизить социальную напряжённость, Российское правительство принимало специальные меры: несмотря на неизбежную во время военных действий инфляцию, особый комитет при министерстве труда утверждал специальные прожиточные минимумы по регионам, и в зависимости от них время от времени производил индексирование зарплаты госслужащих. Историк Хандорин замечает, что эти колчаковские «минимумы» были реальными. Практика исчисления прожиточных минимумов была впервые введена в Сибири именно при Колчаке.
Сообщение о взятии Перми вызвало восторженную реакцию в Омске. Совет министров постановил наградить Колчака, находившегося и действовавшего всё время операции в боевой обстановке, орденом Святого Георгия 3-й степени за большой вклад в подготовку операции. В связи со взятием Перми личное поздравление Верховному правителю прислал премьер-министр Франции Ж. Клемансо.
"Полёт к Волге", как стали называть весеннее наступление 1919 года, произвёл сильное впечатление на современников. В буржуазных и общественных кругах России чувствовался подъём, связанный с надеждой на скорую победу над большевиками. Премьер-министр Российского правительства П. В. Вологодский в интервью томской газете «Сибирская жизнь» 29 апреля говорил, что он «верит в звезду Верховного правителя» и что к осени армии возьмут Москву, в связи с чем он уже начинал заниматься предстоящими выборами в Национальное (или Учредительное) собрание. Колчака поздравили с успехом наступления, в частности, премьер-министр Франции Ж. Клемансо, военный министр Великобритании У. Черчилль и министр иностранных дел Франции С. Пишон. Отреагировали на успехи Белого движения на Востоке России и большевики. Ленин объявил Колчака главным врагом Советской республики и призвал «напрячь все силы в борьбе с ним». Летом 1919 года Советское правительство назначило премию в 7 млн долларов за голову Колчака.
Сам Колчак так описывал итоги весеннего наступления своих войск]:
«Не мне оценивать и не мне говорить о том, что я сделал и чего не сделал. Но я знаю одно, что я нанёс большевизму и всем тем, что предал и продал нашу Родину, тяжкие и, вероятно, смертельные удары. Благословит ли Бог меня довести до конца это дело, не знаю, но начало конца большевиков положено всё-таки мною. Весеннее наступление, начатое мною в самых тяжёлых условиях и с огромным риском… явилось первым ударом по Советской республике, давшим возможность Деникину оправиться и начать в свою очередь разгром большевиков на Юге…»-- А. В. Колчак. Начало октября 1919 года.
К середине 1919 года численность Красной армии дошла до 1,5 миллионов человек. Большевики восстановили свой численный перевес на Восточном фронте, сосредоточив на главном направлении 33-тысячную группировку. «Все на Колчака!» -- гласил лозунг большевистского правительства в эти дни. ЦК РКП(б) 7 апреля 1919 года объявил Восточный фронт главным. М. В. Фрунзе получил в своё распоряжение четыре армии, чья совокупная численность составляла 80 тыс. человек и вдвое превышала число бойцов Западной армии генерала Ханжина. Однако начавшееся 28 апреля 1919 года наступление красных натолкнулось на упорное сопротивление белых. Угрожающее положение, в котором оказались белые, усилило восстание Украинского куреня имени Тараса Шевченко, к которому присоединилось ещё четыре полка и егерский батальон, что стало основным фактором, определившим прорыв фронта красными. Многие военачальники белых впоследствии высказывались в том ключе, что именно эти события стали первопричиной поражения Западной и других армий Восточного фронта. Западной армии пришлось отходить. На других направлениях белые продолжали своё наступление.
В июне Колчак отклонил предложение К. Г. Маннергейма двинуть 100-тысячную финскую армию на Петроград в обмен на признание независимости Финляндии, заявив, что «не поступится никогда и ни за какие минутные выгоды» «идеей великой неделимой России».
Главной задачей Восточного фронта белых стало содействие силам Деникина в их наступлении на Москву, отвлечение на себя частей большевиков. Белые одержали победу в своём последнем наступательном сражении на Восточном фронте -- сентябрьской Тобольской операции. Верховный главнокомандующий адмирал Колчак лично планировал десантные операции последнего наступления трёх своих армий и действия Обь-Иртышcкой флотилии, рассчитывая доплыть до Тюмени. Замысел адмирала был смел, состоял в стремлении не допустить отхода красных, окружить и уничтожить их путём быстрой перевозки частей по рекам и высадки десантов во взаимодействии с конницей фронтально наступающих армий. В случае успеха белые окружали 29-ю, 30-ю и 51-ю стрелковые дивизии красных. Несмотря на срыв этого плана, белые были довольно близко к разгрому 3-й Красной армии. Именно поэтому советские военные историки Тобольско-Петропавловскую операцию рассматривали исключительно фрагментами, подробно описывая бои одной лишь только 5-й армии. Красные были отброшены от реки Тобол на 100 км. Александр Васильевич ездил на передовую независимо от того, как шли дела его армий. Стремление Колчака как можно больше лично присутствовать на фронте вытекало из его уверенности, что именно здесь делается настоящее важное дело. У адмирала много раз возникало желание взять самому винтовку и сражаться наравне со своими солдатами. Выступая перед бойцами, Верховный главнокомандующий говорил, что он «такой же солдат, как и все остальные, что для себя он ничего не ищет, а старается выполнить долг перед Россией». Отправляясь на фронт, Колчак прицеплял к своему поезду вагон-два с табаком, сахаром, чаем, бельём, чтобы подарить их солдатам. При этом Александр Васильевич переживал, если возникали сложности с добычей этих вещей для нужд фронтовиков, готов был даже выпрашивать необходимое.
После оставления Петропавловска Омск оказался под ударом с двух сторон: по сходящимся линиям железной дороги со стороны Петропавловска и Ишима. При этом Сахаров не смог организовать ни оборонительного рубежа, ни защиты Омска, ни организованного отступления. В результате белые опоздали с эвакуацией столицы, произведённой лишь 10 ноября. Сам Верховный правитель решил отступать вместе с армией, сделав ставку на то, что его присутствие в рядах действующих войск поможет поднять их дух. На решение Колчака оказало влияние и желание предотвратить захват чехословаками, союзниками или красными партизанами золотого запаса России. Предложение от французского генерала Жанена и всего дипломатического корпуса о взятии золотого запаса под международную опеку, охране и транспортировке во Владивосток Колчаком было воспринято как заламывание непомерной цены за обещанную помощь. Александр Васильевич категорически отверг их предложение: «Я вам не верю. Золото скорее оставлю большевикам, чем передам союзникам». По мнению историка Зырянова, эти слова стоили Александру Васильевичу жизни: с этого момента иностранные представители утратили к нему всякий интерес. Все ценности, а также специальный груз с вещами царской семьи и уликами их убийства были скрытно погружены в эшелон Красного Креста.
Действия союзников превратили боевые неудачи Восточного фронта белых в катастрофу всего Белого движения на Востоке России: армия оказалась отрезана от тыла, лишена возможности вовремя получать боеприпасы и эвакуировать раненых. 24 ноября адмирал Колчак отправил М. Жанену и Я. Сымровому телеграмму с констатацией: использование железной дороги исключительно для пропуска чехословацких эшелонов означает гибель многих русских эшелонов, последние из которых фактически находились на линии фронта. Адмирал писал: «В таком случае я буду считать себя вправе принять крайние меры и не остановлюсь перед ними».
Однако генерал Жанен, так и не расставшись с надеждой прибрать к рукам золотой запас России, распорядился не пропускать литерный поезд Колчака дальше Нижнеудинска. 25 декабря эшелоны Верховного правителя России были остановлены чехословаками на подходе к станции Нижнеудинск. Чешский офицер сообщил, что по распоряжению штаба союзных войск поезда Колчака задерживаются «до дальнейших распоряжений» и предпринял попытку разоружить конвой Верховного правителя. Чехословаки силой забрали и угнали два паровоза, тянувшие «золотой эшелон» и поезд Верховного правителя. Русские эшелоны были оцеплены чешскими войсками, связь с внешним миром теперь можно было осуществлять только через них. Под видом охраны от нападения чехословаки фактически взяли Верховного правителя России под арест. За одну ночь, поняв, что он предан и спасения нет, Колчак поседел.