Большинство различий между данными философскими системами обусловлено стремлением Канта уйти от иллюзорности и тем, что адвайта-веданта - не только философское, но и мистическое учение, и философскую и мистическую части невозможно разделить. Так как Кант мистиком не является, он не ставит перед собой задачу выхода из иллюзорности. Он показывает проблему, но не дает ее решения просто потому, что считает решение данной проблемы невозможным. У нашего познания есть четкие границы, за которые мы не можем выходить. Перед Кантом стоит задача критики познавательных способностей, ограничения возможности науки и философии, а не поиск выхода за их пределы. В данном контексте любопытно заметить, что различение Атмана и не-Атмана (вещи-в-себе и явления), то есть то, что с точки зрения Шанкары ведет к познанию истинного Бытия, для Канта оказывается основой научного метода и ведет к верному познанию только лишь явлений. Другое различие, проистекающее из мистической составляющей веданты, заключается в рассмотрении истинного бытия как Абсолюта. Брахман - философский Бог, принимающий черты также религиозного Бога в качестве Сагуна-Брахмана (обладающего качествами). Кант говорит о Боге как трансцендентальной идее. Бытие Бога недоказуемо, так как если Он есть, то ускользает от познания. Будучи основой всякого бытия, Бог должен был бы быть центральной вещью-в-себе, объединяющей все остальные. Но в условиях неизвестности Его существования невозможно отождествить Бога с вещью-в-себе, как это сделано в адвайте. Учение Канта лишено мистической составляющей, упомянутые выше сходства мы обнаруживаем в философской части.
Главное различие касается характера самого искажения, самой иллюзорности. Различие и заключается в том, что Кант не признает подобное отношение иллюзией. В адвайте майя объясняется через пример зрительной иллюзии: мир видится в Брахмане из-за неведения, как змея в веревке из-за темноты. У Канта нет подобных представлений, кроме того, он не считает, что причиной расхождения иллюзий и вещей в себе является неведение. Для Канта познание в установленных границах - единственный способ познания: другой просто невозможен, он не является заблуждением, напротив, является доступным путем к истине (хотя и в адвайта-веданте встречается упоминание положительной роли иллюзии как пути к истине). Если вещи-всебе искажены познавательными способностями, то познание не может развеять иллюзию змеи, познавая веревку. Для Канта познаваема здесь только иллюзорная змея.